Si bien para el siglo XVI el sencillo y hasta primitivo simbolismo de la barca de la fe había evolucionado hacia la Barca de la Iglesia, el mismo se haría aún más complejo en poco tiempo, como resultado de los retos sociales a los que se enfrentaba la Iglesia del momento. Estamos en el siglo XVII y el barroco, en pleno apogeo, combina la majestuosidad estética con una rica alegoría simbólica para plasmar magistralmente en las manifestaciones artísticas el programa ideológico-político de la Contrarreforma y difundirlo ampliamente por el Nuevo Mundo. La Nave de la Iglesia forma parte integral de dicho programa y se muestra ahora como un complejo entramado de significados simbólicos y sociales, como veremos más adelante.
Como fue usual desde el inicio del virreinato, las representaciones alegóricas de la Nave estuvieron basadas en grabados europeos de la época. Específicamente el relieve de la fachada de la Catedral de México, así como otras pinturas de la época, parece estar basado, de acuerdo con Santiago Sebastián, en “un grabado de Filippo Thomasini (Roma 1602), que sirvió de punto de partida a otro editado en Milán bajo el título: 'Triunfo de la Fe y de la Ley de la Yglesia Catholica certificada por sus cuatro evangelistas y sus apóstoles y sus principales doctores contra toda heregia [sic] y supersticiones del paganismo'” [Sebastián 1990: 106].
Analizando un cuadro anónimo con el tema de la Nave de la Iglesia que se encuentra en el Museo Nacional del Virreinato ( Ilustración), dice Sebastián:
Realmente se trata de la Nave de la Contemplación Mística, la cual aparece como Triunfo de la Iglesia, mostrando su victoria sobre los enemigos antiguos y modernos. Eje de la composición es el mástil, coronado por la figura de Cristo como Rey de Reyes, junto a la Virgen María, y a su altura aparecen seis angelotes con los Arma Christio símbolos de la Pasión. En los extremos se hallan los Evangelistas con sus trompetas difundiendo el mensaje evangélico a los confines del mundo.
El citado mástil es concebido como “árbol de la fe cristiana”, así que en torno suyo están los Fundadores de las Ordenes Religiosas: franciscanos, dominicos, benedictinos, agustinos, mercedarios, cartujos, etc., unido cada uno a Cristo por medio de una cuerda o jarcia. Al timón va San Pedro mostrando sus llaves, al pie de una bandera que proclama su carácter de piedra angular. Los santos de la Contrarreforma (San Ignacio, San Francisco de Paula) van al costado de la proa, armados de venablos y con la ayuda de San Miguel, el vencedor del demonio en los cielos.[…]
Defiende a la nave una barcaza de abordaje con los Doctores de la Iglesia Latina y Santo Tomás de Aquino, calificado de Quinto Doctor por su ciencia. [Sebastián 1992: 29-30]
Aunque la temática y composición del relieve de la Catedral son, evidentemente, las mismas que las de la pintura que describe Sebastián, un detalle insignificante muestra que dicho relieve se asemeja más a otro cuadro, también anónimo y al parecer ecuatoriano, de la colección Arnold Zingg en Caracas, Venezuela [Sebastián 1990: 109]. En ambas obras, los cabos que bajan desde lo alto del mástil donde se encuentra Jesús, se unen al casco de la nave por medio de argollas, lo que no se observa en la obra del Museo Nacional del Virreinato ( Ilustración). Esto podría interpretarse de dos formas: 1) tanto el autor anónimo de la pintura de la colección Zingg como el del relieve de la catedral, Miguel Ximénez, se habrían basado en la misma imagen original, probablemente el relieve de Tomasini, mientras que el autor de la pintura del Museo se basó en otra imagen; o 2) los tres autores se basaron en el grabado de Tomasini pero, mientras que lo dos primeros se habrían mantenido fieles al original, el tercer autor se permitió una mayor libertad en la composición.