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1   1.1#  Introduction 1.1.1 stockage de données sémantique  1.1.1.1 semantic web et w3c 1.1.1 stockage de données sémantique  1.1.2 ontologies en sciences 1.1.1.1 semantic web et w3c  1.1.2.1 ceux qui l'utilisent : raisons 1.1.2 ontologies en sciences  1.1.2.2 1.1.2.1  ceux qui ne connaissent pas l'utilisent  : proposition : pas de besoin immédiat raisons  1.1.3 problématiques 1.1.2.2 ceux qui ne connaissent pas : proposition : pas de besoin immédiat  1.1.3.1 écriture des hypothèses et des knowledge propositions qui dépendent   d'hypothèeses    1.1.3.2 décrire les sciences physiques    1.1.4 ici : plusieurs prototypes, preuves de concept, focalisées sur la qualité (sémantique et facilité d'usage) et non pas sur la quantité (text mining, etc)    1.1.5 résultats : extension de l'emploi des Named Graphs aux "Named ontologies), qui dépendent d'une hypothèse et référencement dans une ontologie propre    1.1.6 résultat : écriture d'un patch de top ontologie    1.1.7 résultat : début de l'écriture d'un écosystème d'ontologies (correspondant à un domaine) en prenant en compte les hypothèses    1.3 # Etat de l'art 1.1.3 problématiques  1.3.1 Etude 1.1.3.1 écriture  des ontologies existantes hypothèses et des knowledge propositions qui dépendent   d'hypothèeses  1.3.1.1 upper ontologies 1.1.3.2 décrire les sciences physiques  1.3.1.1.1 étude 1.1.4 ici : plusieurs prototypes, preuves  de BFO concept, focalisées sur la qualité (sémantique et facilité d'usage) et non pas sur la quantité (text mining, etc)  1.3.1.1.1.1 ne permet pas d'écrire une 1.1.5 résultats : extension de l'emploi des Named Graphs aux "Named ontologies), qui dépendent d'une  hypothèse et référencement dans une ontologie propre  1.3.1.1.1.2 permet l'écriture 1.1.6 résultat : écriture d'un patch  de phénomènes dépendants du temps top ontologie  1.3.1.1.1.3 ref: critères ONSET 1.1.7 résultat : début de l'écriture d'un écosystème d'ontologies (correspondant à un domaine) en prenant en compte les hypothèses  1.3.1.1.1.3.1 critères choisis 1.3 Etat de l'art  1.3.1.1.1.4 ref: article 1.3.1 Etude des ontologies existantes  1.3.1.2 1.3.1.1 upper  ontologiesde domaine  1.3.1.2.1 1.3.1.1.1  étude de QuONTOm BFO  1.3.1.2.1.1 étude de l'ontologie quONTOm.wl 1.3.1.1.1.1 ne permet pas d'écrire une hypothèse  1.3.1.2.1.1.1 Quontom est basée sur l'hypothèse que la mécanique quantique   peur être décrite par une ontologie    1.3.1.2.1.1.2 problèmes mathématiques rencontrés : 1.3.1.1.1.2 permet l'écriture de phénomènes dépendants du temps  1.3.1.2.1.1.2.1 nombre complexes doivent contenir les float donc la physique est bloquée par l'inromatique 1.3.1.1.1.3 ref: critères ONSET  1.3.1.2.1.1.3 autres hypothèses: 1.3.1.1.1.3.1 critères choisis  1.3.1.2.1.1.3.1 la mécanique quantique peut être traitée comme un jeu de   concepts, de relations et que les concepts peuvent avoir des attributs      1.3.1.2.1.1.3.2 complication viendrait de mathématiques 1.3.1.1.1.4 ref: article  1.3.1.2.1.1.3.3 par conséquent : n'écrivent pas les axiomes qui   dépendent 1.3.1.2 ontologies  de mathématiques exigeantes domaine  1.3.1.2.1 étude de QuONTOm  1.3.1.2.1.1 étude de l'ontologie quONTOm.wl  1.3.1.2.1.1.4 recherche de l'axiomatisation préférée au thésaurus 1.3.1.2.1.1.1 Quontom est basée sur l'hypothèse que la mécanique quantique   peur être décrite par une ontologie  1.3.1.2.1.2 étude de l'article publié 1.3.1.2.1.1.2 problèmes mathématiques rencontrés :  1.3.1.2.1.2.1   owl1-1.googlecode.com/svn-history/r697/trunk/www.webont.org/owled/2010/papers/owled2010_submission_18.pdf    1.3.1.2.1.2.2 (vieux) http://www.hrpub.org/download/20040201/UJPA-18490275.pdf 1.3.1.2.1.1.2.1 nombre complexes doivent contenir les float donc la physique est bloquée par l'inromatique  1.3.1.2.2 étude de OBP 1.3.1.2.1.1.3 autres hypothèses:  1.3.1.2.2.1 article 1.3.1.2.1.1.3.1 la mécanique quantique peut être traitée comme un jeu de   concepts, de relations et que les concepts peuvent avoir des attributs  1.3.1.2.2.1.1     http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0028708    1.3.1.2.2.2 constat : il n'y a pas d'ontologies des propriétés physiques. donc ontologie les définie(par défaut) pour les biologistes  1.3.1.2.2.3 seules les propriétés, grandeurs physiques et les objets qui ne sont pas définis par les biologistes sont dans l'ontologie 1.3.1.2.1.1.3.2 complication viendrait de mathématiques  1.3.1.2.2.4 grand nombre d'ontologies de biologie, biophysique, donc standardisation, interopérabilité des données, mais 1.3.1.2.1.1.3.3 par conséquent : n'écrivent  pas d'ontologie pour la physique, donc divergence lorsque la physique est abordée. ie tout le temps les axiomes qui   dépendent de mathématiques exigeantes  1.3.1.2.2.5 n'a pas vocation à être une ontologie de physique mais à permettre l'interopérabilité entre les datasets de biophysique  1.3.1.2.2.6 stocke en parallèle les concepts et des attributs de ces conceptts (comme les dimensions), ce qui permet de sticker des raisonnements faits usuellement (raisonnement sur les dimensions))  1.3.1.2.3 étude 1.3.1.2.1.1.4 recherche  de ASTRO l'axiomatisation préférée au thésaurus  1.3.1.2.3.1 astro.owl 1.3.1.2.1.2 étude de l'article publié  1.3.1.2.3.2 documentation 1.3.1.2.1.2.1   owl1-1.googlecode.com/svn-history/r697/trunk/www.webont.org/owled/2010/papers/owled2010_submission_18.pdf  1.3.1.2.3.2.1 contient des termes de IVOA Thesaurus plus terms from the UMD astronomical ontology 1.3.1.2.1.2.2 (vieux) http://www.hrpub.org/download/20040201/UJPA-18490275.pdf  1.3.1.2.3.2.2 et domain, range, functional property, etc. 1.3.1.2.2 étude de OBP  1.3.1.2.3.2.3 mais pas de prise en compte de hypothèses et pas de définition 1.3.1.2.2.1 article  1.3.1.2.3.2.4 donc travail de curation intéressant mais pas de sémantique pour le résonneur 1.3.1.2.2.1.1  1.3.1.2.3.2.5 devrait déjà être utilisée puisque reprend des termes sur lesquels il y a un accord http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0028708  1.3.1.2.3.2.6 couvrent un très large domaine mais 1.3.1.2.2.2 constat : il n'y a  pas seulement comme référence de termes d'ontologies des propriétés physiques. donc ontologie les définie(par défaut) pour les biologistes  1.3.1.2.3.3 physics.owl 1.3.1.2.2.3 seules les propriétés, grandeurs physiques et les objets qui ne sont pas définis par les biologistes sont dans l'ontologie  1.3.1.2.3.4 geometry.owl 1.3.1.2.2.4 grand nombre d'ontologies de biologie, biophysique, donc standardisation, interopérabilité des données, mais pas d'ontologie pour la physique, donc divergence lorsque la physique est abordée. ie tout le temps  1.4 #Matériel et méthodes 1.3.1.2.2.5 n'a pas vocation à être une ontologie de physique mais à permettre l'interopérabilité entre les datasets de biophysique  1.3.1.2.2.6 stocke en parallèle les concepts et des attributs de ces conceptts (comme les dimensions), ce qui permet de sticker des raisonnements faits usuellement (raisonnement sur les dimensions))  1.4.1 Problématiques et solutions relatifs aux développement d'ontologies et aux Linked Data 1.3.1.2.3 étude de ASTRO  1.4.1.1 Documentation 1.3.1.2.3.1 astro.owl  1.4.1.1.1 doit être lisible par l'utilisateur.    1.4.1.1.2 une voie a été explorer : embed les triplets constitutifs de l'ontologie   en RDFa et en plain text dans une page de documentation. 1.3.1.2.3.2 documentation  1.4.1.1.3 ainsi, la documentation peut être lue comme un livre par l'utilisateur et employée par la suite. 1.3.1.2.3.2.1 contient des termes de IVOA Thesaurus plus terms from the UMD astronomical ontology  1.4.1.2 minimum d'axiomes dans la définition d'une classe (described class) 1.3.1.2.3.2.2 et domain, range, functional property, etc.  1.4.1.3 indication des sources 1.3.1.2.3.2.3 mais pas de prise en compte de hypothèses et pas de définition  1.4.1.3.1 indiquer la source des axiomes et assertions 1.3.1.2.3.2.4 donc travail de curation intéressant mais pas de sémantique pour le résonneur  1.4.1.3.1.1 écriture d'une object property 1.3.1.2.3.2.5 devrait déjà être utilisée puisque reprend des termes sur lesquels il y a un accord  1.4.1.4 workflow 1.3.1.2.3.2.6 couvrent un très large domaine mais pas seulement comme référence de termes  1.4.1.4.1 écriture des classes de base (transcription de top dans les termes du   domaine) 1.3.1.2.3.3 physics.owl  1.4.1.4.2 onto : import de top et des ontologies de domaine supérieures 1.3.1.2.3.4 geometry.owl  1.4.1.4.3 extraction d'assertions depuis les embed RDFa 1.4 Matériel et méthodes  1.4.1.4.4 raffinement de l'ontologie (axiomes)  1.4.1.4.5 graph:embed de triplets en RDFa dans le document 1.4.1 Problématiques et solutions relatifs aux développement d'ontologies et aux Linked Data  1.4.1.5 et maximum d'assertions dans l'ontologie (qui constitue alors une base de connaissances) 1.4.1.1 Documentation  1.4.2 protégé + resonneur + VOWL 1.4.1.1.1 doit être lisible par l'utilisateur.  1.4.3 hypothèses 1.4.1.1.2 une voie a été explorer : embed les triplets constitutifs de l'ontologie   en RDFa et en plain text dans une page de documentation.  1.4.1.1.3 ainsi, la documentation peut être lue comme un livre par l'utilisateur et employée par la suite.  1.4.3.1 top 1.4.1.2 minimum d'axiomes dans la définition d'une classe (described class)  1.4.3.2 onto-TBox 1.4.1.3 indication des sources  1.4.3.2.1 dépendant d'un jeu d'hypothèses fondamentales pour le domaine 1.4.1.3.1 indiquer la source des axiomes et assertions  1.4.3.3 onto-x 1.4.1.3.1.1 écriture d'une object property  1.4.3.3.1 dépendant d'hypothèses 1.4.1.4 workflow  1.4.3.4 utilisationproblème rencontré par quONTom est résolu lorsque: 1.4.1.4.1 écriture des classes de base (transcription de top dans les termes du   domaine)  1.4.3.4.1 les hypothèses sont déclarées 1.4.1.4.2 onto : import de top  et que parmi tous les triplets possibles,   seul ceux qui sont vrais sont chargés des ontologies de domaine supérieures  1.4.3.4.2 alors, la propriété de linéarité d'un opérateur est écrite (caractère) et   peut être testée (pattern) 1.4.1.4.3 extraction d'assertions depuis les embed RDFa  1.5 #Résultats 1.4.1.4.4 raffinement de l'ontologie (axiomes)  1.5.1 Problématiques et problèmes relevant du domaine 1.4.1.4.5 graph:embed de triplets en RDFa dans le document  * Note: problématiques liées aux ontologies 1.4.1.5  et au domaine nécessairement couplées maximum d'assertions dans l'ontologie (qui constitue alors une base de connaissances)  1.5.1.1 définition des concepts 1.4.2 protégé + resonneur + VOWL  1.5.1.1.1 caractère/parts/quanitity value 1.4.3 hypothèses  1.5.1.2 Rolification des Propriétés physiques  1.5.1.3 besoin d'onotlogies d'autres domaines 1.4.3.1 top  1.5.1.3.1 séparer les classes et relations en modules 1.4.3.2 onto-TBox  1.5.1.3.1.1 résultat : multiples ontologies 1.4.3.2.1 dépendant d'un jeu d'hypothèses fondamentales pour le domaine  1.5.2 gestion des knowledge propositions et des hypothèses 1.4.3.3 onto-x  1.5.2.1 référencement de toutes les hypothèses et de tous les éléments de connaissances   (KE) dans une ontologie (base de connaissances (TH)) 1.4.3.3.1 dépendant d'hypothèses  1.5.2.1.1 correspond à l'emploi de Named Graphs 1.4.3.4 utilisationproblème rencontré par quONTom est résolu lorsque:  1.5.2.2 création d'une ontologie correspondant à chauqe named graph 1.4.3.4.1 les hypothèses sont déclarées et que parmi tous les triplets possibles,   seul ceux qui sont vrais sont chargés  1.4.3.4.2 alors, la propriété de linéarité d'un opérateur est écrite (caractère) et   peut être testée (pattern)  1.5 #Résultats  1.5.1 Problématiques et problèmes relevant du domaine  * Note: problématiques liées aux ontologies et au domaine nécessairement couplées  1.5.1.1 définition des concepts  1.5.1.1.1 caractère/parts/quanitity value  1.5.1.2 Rolification des Propriétés physiques  1.5.1.3 besoin d'onotlogies d'autres domaines  1.5.1.3.1 séparer les classes et relations en modules  1.5.1.3.1.1 résultat : multiples ontologies  1.5.2 gestion des knowledge propositions et des hypothèses  1.5.2.1 référencement de toutes les hypothèses et de tous les éléments de connaissances   (KE) dans une ontologie (base de connaissances (TH))  1.5.2.1.1 correspond à l'emploi de Named Graphs  1.5.2.2 création d'une ontologie correspondant à chauqe named graph  1.5.2.2.1 importe l'ontologie de domaine 1.5.2.2.2 ne contient que des individus, axiomes et assertions valable sous   l'hypothèse associée  1.5.2.3 pour l'utilisation : import (ou fusion) d'ontologies, à l'envie.  1.5.2.3.1 pas de problème si on renomme toutes les URI en PSO  1.5.2.3.2 punning : metamodelling  1.5.2.2.2 ne contient que des individus, axiomes et assertions valable sous   l'hypothèse associée  1.5.2.3 pour l'utilisation : import (ou fusion) d'ontologies, à l'envie.  1.5.2.3.1 pas de problème si on renomme toutes les URI en PSO  1.5.2.3.2 punning : metamodelling          ### Non inclus dans le texte :  1.2 cahier des charges 1.2.1 écriture d'axiomes -> described classes 1.2.2 TBox et ABox séparés 1.2.3 documentation et sources intégrées en OWL/RDF 1.2.4 modularité 1.2.5 adaptation au sujet 1.2.6