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1   1.1 # Introduction  1.1.1 stockage de données sémantique  1.1.1.1 semantic web et w3c  1.1.2 ontologies en sciences  1.1.2.1 ceux qui l'utilisent : raisons  1.1.2.2 ceux qui ne connaissent pas : proposition : pas de besoin immédiat  1.1.3 problématiques  1.1.3.1 écriture des hypothèses et des knowledge propositions qui dépendent d'hypothèeses 1.1.3.2 décrire les sciences physiques  1.1.4 ici : plusieurs prototypes, preuves de concept, focalisées sur la qualité (sémantique et facilité d'usage) et non pas sur la quantité (text mining, etc)  1.1.5 résultats : extension de l'emploi des Named Graphs aux "Named ontologies), qui dépendent d'une hypothèse et référencement dans une ontologie propre  1.1.6 résultat : écriture d'un patch de top ontologie  1.1.7 résultat : début de l'écriture d'un écosystème d'ontologies (correspondant à un domaine) en prenant en compte les hypothèses  1.2 cahier des charges  1.2.1 écriture d'axiomes -> described classes  1.2.2 TBox et ABox séparés  1.2.3 documentation et sources intégrées en OWL/RDF  1.2.4 modularité  1.2.5 adaptation au sujet  1.2.6  1.3 # Etat de l'art  1.3.1 Etude des ontologies existantes  1.3.1.1 upper ontologies  1.3.1.1.1 étude de BFO  1.3.1.1.1.1 ne permet pas d'écrire une hypothèse  1.3.1.1.1.2 permet l'écriture de phénomènes dépendants du temps  1.3.1.1.1.3 ref: critères ONSET  1.3.1.1.1.3.1 critères choisis  1.3.1.1.1.4 ref: article  1.3.1.2 ontologies de domaine  1.3.1.2.1 étude de QuONTOm  1.3.1.2.1.1 étude de l'ontologie quONTOm.wl  1.3.1.2.1.1.1 Quontom est basée sur l'hypothèse que la mécanique quantique peur être décrite par une ontologie 1.3.1.2.1.1.2 problèmes mathématiques rencontrés :  1.3.1.2.1.1.2.1 nombre complexes doivent contenir les float donc la physique est bloquée par l'inromatique  1.3.1.2.1.1.3 autres hypothèses:  1.3.1.2.1.1.3.1 la mécanique quantique peut être traitée comme un jeu de concepts, de relations et que les concepts peuvent avoir des attributs 1.3.1.2.1.1.3.2 complication viendrait de mathématiques  1.3.1.2.1.1.3.3 par conséquent : n'écrivent pas les axiomes qui dépendent de mathématiques exigeantes 1.3.1.2.1.1.4 recherche de l'axiomatisation préférée au thésaurus  1.3.1.2.1.2 étude de l'article publié  1.3.1.2.1.2.1 owl1-1.googlecode.com/svn-history/r697/trunk/www.webont.org/owled/2010/papers/owled2010_submission_18.pdf 1.3.1.2.1.2.2 (vieux) http://www.hrpub.org/download/20040201/UJPA-18490275.pdf  1.3.1.2.2 étude de OBP  1.3.1.2.2.1 article  1.3.1.2.2.1.1 http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0028708 1.3.1.2.2.2 constat : il n'y a pas d'ontologies des propriétés physiques. donc ontologie les définie(par défaut) pour les biologistes  1.3.1.2.2.3 seules les propriétés, grandeurs physiques et les objets qui ne sont pas définis par les biologistes sont dans l'ontologie  1.3.1.2.2.4 grand nombre d'ontologies de biologie, biophysique, donc standardisation, interopérabilité des données, mais pas d'ontologie pour la physique, donc divergence lorsque la physique est abordée. ie tout le temps  1.3.1.2.2.5 n'a pas vocation à être une ontologie de physique mais à permettre l'interopérabilité entre les datasets de biophysique  1.3.1.2.2.6 stocke en parallèle les concepts et des attributs de ces conceptts (comme les dimensions), ce qui permet de sticker des raisonnements faits usuellement (raisonnement sur les dimensions))  1.3.1.2.3 étude de ASTRO  1.3.1.2.3.1 astro.owl  1.3.1.2.3.2 documentation  1.3.1.2.3.2.1 contient des termes de IVOA Thesaurus plus terms from the UMD astronomical ontology  1.3.1.2.3.2.2 et domain, range, functional property, etc.   1.3.1.2.3.2.3 mais pas de prise en compte de hypothèses et pas de définition  1.3.1.2.3.2.4 donc travail de curation intéressant mais pas de sémantique pour le résonneur  1.3.1.2.3.2.5 devrait déjà être utilisée puisque reprend des termes sur lesquels il y a un accord  1.3.1.2.3.2.6 couvrent un très large domaine mais pas seulement comme référence de termes  1.3.1.2.3.3 physics.owl  1.3.1.2.3.4 geometry.owl  1.4 #Matériel et méthodes  1.4.1 Problématiques et solutions relatifs aux développement d'ontologies et aux Linked Data  1.4.1.1 Documentation  1.4.1.1.1 doit être lisible par l'utilisateur.  1.4.1.1.2 une voie a été explorer : embed les triplets constitutifs de l'ontologie en RDFa et en plain text dans une page de documentation. 1.4.1.1.3 ainsi, la documentation peut être lue comme un livre par l'utilisateur et employée par la suite.  1.4.1.2 minimum d'axiomes dans la définition d'une classe (described class)  1.4.1.3 indication des sources  1.4.1.3.1 indiquer la source des axiomes et assertions  1.4.1.3.1.1 écriture d'une object property  1.4.1.4 workflow  1.4.1.4.1 écriture des classes de base (transcription de top dans les termes du domaine) 1.4.1.4.2 onto : import de top et des ontologies de domaine supérieures  1.4.1.4.3 extraction d'assertions depuis les embed RDFa  1.4.1.4.4 raffinement de l'ontologie (axiomes)  1.4.1.4.5 graph:embed de triplets en RDFa dans le document  1.4.1.5 et maximum d'assertions dans l'ontologie (qui constitue alors une base de connaissances)  1.4.2 protégé + resonneur + VOWL  1.4.3 hypothèses  1.4.3.1 top  1.4.3.2 onto-TBox  1.4.3.2.1 dépendant d'un jeu d'hypothèses fondamentales pour le domaine  1.4.3.3 onto-x  1.4.3.3.1 dépendant d'hypothèses  1.4.3.4 utilisationproblème rencontré par quONTom est résolu lorsque:  1.4.3.4.1 les hypothèses sont déclarées et que parmi tous les triplets possibles, seul ceux qui sont vrais sont chargés 1.4.3.4.2 alors, la propriété de linéarité d'un opérateur est écrite (caractère) et peut être testée (pattern) 1.5 #Résultats  1.5.1 Problématiques et problèmes relevant du domaine  * Note: problématiques liées aux ontologies et au domaine nécessairement couplées  1.5.1.1 définition des concepts  1.5.1.1.1 caractère/parts/quanitity value  1.5.1.2 Rolification des Propriétés physiques  1.5.1.3 besoin d'onotlogies d'autres domaines  1.5.1.3.1 séparer les classes et relations en modules  1.5.1.3.1.1 résultat : multiples ontologies  1.5.2 gestion des knowledge propositions et des hypothèses  1.5.2.1 référencement de toutes les hypothèses et de tous les éléments de connaissances (KE) dans une ontologie (base de connaissances (TH)) 1.5.2.1.1 correspond à l'emploi de Named Graphs  1.5.2.2 création d'une ontologie correspondant à chauqe named graph  1.5.2.2.1 importe l'ontologie de domaine  1.5.2.2.2 ne contient que des individus, axiomes et assertions valable sous l'hypothèse associée 1.5.2.3 pour l'utilisation : import (ou fusion) d'ontologies, à l'envie.  1.5.2.3.1 pas de problème si on renomme toutes les URI en PSO  1.5.2.3.2 punning : metamodelling  ### Non inclus dans le texte :  1.2 cahier des charges    1.2.1 écriture d'axiomes -> described classes  1.2.2 TBox et ABox séparés  1.2.3 documentation et sources intégrées en OWL/RDF  1.2.4 modularité  1.2.5 adaptation au sujet  1.2.6