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1   1.1  # Introduction Contexte : shift d'une manière de stocker les données aveugle à des données sémantiques.  Utilisable pour les données facilement (en remplacement d'une base 1.1.1 stockage  de données SQL) sans écrire d'axiomes importants dans l'ontologie. Travail des axiomes sémantique  1.1.1.1 semantic web  et assertions de l'ontologie permet de stocker du __savoir__. Par conséquent,   de traduire ce qui est publié dans les articles scientifiques dans une ontologie.  Biologie : adopté puisque c'est le bazar dans les gènes. Gain : découvrabilité,  recoupement de gènes identiques.  Physique : Astronomie intéressée par RDF pour les données (à la place de SQL)  mais c'est tout.  Potentiel énorme w3c  1.1.2 ontologies  en physique puisque domaine sciences  1.1.2.1 ceux  qui est rigoureux, donc l'utilisent : raisons  1.1.2.2 ceux  qui est adapté  à une formalisation.  Objectif ne connaissent pas  : écrire une ontologie ou un écosystème d'ontologies adapté à   la description des sciences physiques.  - problématique proposition  : écrire les pas de besoin immédiat  1.1.3 problématiques  1.1.3.1 écriture des  hypothèses etstocker  des informations knowledge propositions  qui dépendent d'une hypothèses.  et d'hypothèeses  1.1.3.2  décrire les sciences physiques avec une approche qui correspond au domaine   (domaine ontology) 1.1.4 ici  : - Prendre en compte l'étude temporelle d'un phénomène (il sera possible plusieurs prototypes, preuves  de s'appuyer concept, focalisées  sur des top-ontologies existantes la qualité (sémantique et facilité d'usage) et non pas sur la quantité (text mining, etc)  1.1.5 résultats  : BFO)  - définir les objets, phénomènes, propriétés  ## État extension  de l'art  ### Ontologies existantes  top : existe top ontologies cf BFO  domainTop : existe ontologies l'emploi des Named Graphs aux "Named ontologies),  qui interdouisent les bases d'un domaine. cf BioTop  domaine: existe domain-ontologies cf OPB, QuONTOm, Astro  OPB : biais de biologiste (pas d'hypothèse, donc pas de physique)  QuONTOm : arrêté très vite. D'ailleurs, ont créé dépendent d'une hypothèse et référencement dans  une top-onto   BioTop :   Astro ontologie propre  1.1.6 résultat  : seulement du SQL en RDF :/  ### Implémentation écriture d'un patch  de features  - hypothèses top ontologie  1.1.7 résultat  : + écrire une proporety à chaque fois => prouvé que computable (ref singleton property Cambridge)  mais lourd début de l'écriture d'un écosystème d'ontologies (correspondant  àréaliser.   + réification : réifier  un triplet pour écrire du méta. Pose tous les problèmes   de la réification  - top onto existantes ne prennent pas domaine) en prenant  en compte les hypothèses : BFO, DOLCE  mais BFO traite des événements dans la vie d'un élément.  - domain onto pour la physique : QuONTOm et BFO recensent certains concepts.   Mais pas de formalisation 1.2 cahier  des définitions (par exemple, qu'est-ce qu'une particule élémentaire)  ## Matériel charges  1.2.1 écriture d'axiomes -> described classes  1.2.2 TBox  et méthodes  Adoption de best practices (ref AI3)  ### Matériel  Protégé ABox séparés  1.2.3 documentation  et édition sources intégrées  en texte brut (syntaxe turtle)  visualisation avec VOWL (ontologie) et Isaviz (graphs RDF)  ### Écriture  import OWL/RDF  1.2.4 modularité  1.2.5 adaptation au sujet  1.2.6   1.3 # Etat  de "top" et c'est tout  embed l'art  1.3.1 Etude des ontologies existantes  1.3.1.1 upper ontologies  1.3.1.1.1 étude  de triplets en turtle utilisables soit dans BFO  1.3.1.1.1.1 ne permet pas d'écrire  une ontologie, soit dans un  graph RDF. utilisation hypothèse  1.3.1.1.1.2 permet l'écriture  de RDFa et développement en cours d'une extension à markdown  et pandoc pour embed phénomènes dépendants  du turtle directement.  puis raffiniment à partir de top pour défininr des classes intermédiaires (n'ayant  pas d'individu direct).  ### Hypothèses  travail sur les temps  1.3.1.1.1.3 ref: critères ONSET  1.3.1.1.1.3.1 critères choisis  1.3.1.1.1.4 ref: article  1.3.1.2  ontologiessemblable aux Named Graphs :  importer l'(les) ontologie supérieure et y ajouter quelques axiomes et assertions.  Stockage  de l'information domaine  1.3.1.2.1 étude de QuONTOm  1.3.1.2.1.1 étude de l'ontologie quONTOm.wl  1.3.1.2.1.1.1 Quontom est basée  sur l'hypothèse que la mécanique quantique peur être décrite par une ontologie  1.3.1.2.1.1.2 problèmes mathématiques rencontrés :  1.3.1.2.1.1.2.1 nombre complexes doivent contenir  les hypothèses float donc la physique est bloquée par l'inromatique  1.3.1.2.1.1.3 autres hypothèses:  1.3.1.2.1.1.3.1 la mécanique quantique peut être traitée comme un jeu de concepts, de relations  et que  les différentes ontologies qui reposent   sur concepts peuvent avoir  des hypothèses attributs  1.3.1.2.1.1.3.2 complication viendrait de mathématiques  1.3.1.2.1.1.3.3 par conséquent : n'écrivent pas les axiomes qui dépendent de mathématiques exigeantes  1.3.1.2.1.1.4 recherche de l'axiomatisation préférée au thésaurus  1.3.1.2.1.2 étude de l'article publié  1.3.1.2.1.2.1 owl1-1.googlecode.com/svn-history/r697/trunk/www.webont.org/owled/2010/papers/owled2010_submission_18.pdf  1.3.1.2.1.2.2 (vieux) http://www.hrpub.org/download/20040201/UJPA-18490275.pdf  1.3.1.2.2 étude de OBP  1.3.1.2.2.1 article  1.3.1.2.2.1.1 http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0028708  1.3.1.2.2.2 constat : il n'y a pas d'ontologies des propriétés physiques. donc ontologie les définie(par défaut) pour les biologistes  1.3.1.2.2.3 seules les propriétés, grandeurs physiques et les objets qui ne sont pas définis par les biologistes sont  dans TH.   ### Écosystème  Séparation l'ontologie  1.3.1.2.2.4 grand nombre d'ontologies de biologie, biophysique, donc standardisation, interopérabilité  des niveaux top, domainTop, domain.  TH pous stocker données, mais pas d'ontologie pour la physique, donc divergence lorsque la physique est abordée. ie  tout le temps  1.3.1.2.2.5 n'a pas vocation à être une ontologie de physique mais à permettre l'interopérabilité entre les datasets de biophysique  1.3.1.2.2.6 stocke en parallèle les concepts et des attributs de ces conceptts (comme les dimensions),  ce qui relève permet de sticker  des savoirs reposant raisonnements faits usuellement (raisonnement  sur les dimensions))  1.3.1.2.3 étude de ASTRO  1.3.1.2.3.1 astro.owl  1.3.1.2.3.2 documentation  1.3.1.2.3.2.1 contient  des hypothèses.  PSO comme domainTop  PSO-hypothèse non pas comme domain specific termes de IVOA Thesaurus plus terms from the UMD astronomical ontology  1.3.1.2.3.2.2 et domain, range, functional property, etc.   1.3.1.2.3.2.3  mais comme pas de prise en compte de  hypothèses spécifique.  (après tout, et pas de définition  1.3.1.2.3.2.4 donc travail de curation intéressant mais pas de sémantique pour le résonneur  1.3.1.2.3.2.5 devrait déjà être utilisée puisque reprend des termes sur lesquels il y a un accord  1.3.1.2.3.2.6 couvrent  un très large  domaineest ce qui correspond aux savoirs sous une hypothèses fondamentale)  mais c'est pour éviter la confusion.  ### Modularité, TBox pas seulement comme référence de termes  1.3.1.2.3.3 physics.owl  1.3.1.2.3.4 geometry.owl  1.4 #Matériel  et ABox séparés  Le travail se fait avec ABox méthodes  1.4.1 Problématiques  et TBox séparés  ## Résultats (ou plutot seulement avancées)  top  pso  pso-hyp/res  th  ### Étude de cas  #### Définition d'un objet solutions relatifs aux développement d'ontologies et aux Linked Data  1.4.1.1 Documentation  1.4.1.1.1 doit être lisible  par rapport à un caractères/ ses parties / l'utilisateur.  1.4.1.1.2  une valeur  -> Particules élémentaires  #### Rolification voie a été explorer : embed les triplets constitutifs de l'ontologie en RDFa et en plain text dans une page de documentation.  1.4.1.1.3 ainsi, la documentation peut être lue comme un livre par l'utilisateur et employée par la suite.  1.4.1.2 minimum d'axiomes dans la définition  d'une propriété  État physique  #### Hypothèses   # Conclusion  Implémentation classe (described class)  1.4.1.3 indication  des hypothèses sources  1.4.1.3.1 indiquer la source des axiomes  et mise en place assertions  1.4.1.3.1.1 écriture  d'une mothode pour gérer object property  1.4.1.4 workflow  1.4.1.4.1 écriture des classes de base (transcription de top dans  les savoirs dépendants d'une hypothèses.  Validation termes du domaine)  1.4.1.4.2 onto : import  de la preuve top et des ontologies  de concept ? (objectif recherché à ce stade)  Utilisable domaine supérieures  1.4.1.4.3 extraction d'assertions depuis les embed RDFa  1.4.1.4.4 raffinement de l'ontologie (axiomes)  1.4.1.4.5 graph:embed de triplets en RDFa dans le document  1.4.1.5 et maximum d'assertions dans l'ontologie (qui constitue alors une base de connaissances)  1.4.2 protégé + resonneur + VOWL  1.4.3 hypothèses  1.4.3.1 top  1.4.3.2 onto-TBox  1.4.3.2.1 dépendant d'un jeu d'hypothèses fondamentales  pour récupérer ce qui le domaine  1.4.3.3 onto-x  1.4.3.3.1 dépendant d'hypothèses  1.4.3.4 utilisationproblème rencontré par quONTom  est stocké dans résolu lorsque:  1.4.3.4.1  les articles déjà publiés hypothèses sont déclarées  et dans ce que parmi tous les triplets possibles, seul ceux  qui sont vrais sont chargés  1.4.3.4.2 alors, la propriété de linéarité d'un opérateur  est publié. écrite (caractère) et peut être testée (pattern)  1.5 #Résultats  1.5.1 Problématiques et problèmes relevant du domaine  * Note: problématiques liées aux ontologies et au domaine nécessairement couplées  1.5.1.1 définition des concepts  1.5.1.1.1 caractère/parts/quanitity value  1.5.1.2 Rolification des Propriétés physiques  1.5.1.3 besoin d'onotlogies d'autres domaines  1.5.1.3.1 séparer les classes et relations en modules  1.5.1.3.1.1 résultat : multiples ontologies  1.5.2 gestion des knowledge propositions et des hypothèses  1.5.2.1 référencement de toutes les hypothèses et de tous les éléments de connaissances (KE) dans une ontologie (base de connaissances (TH))  1.5.2.1.1 correspond à l'emploi de Named Graphs  1.5.2.2 création d'une ontologie correspondant à chauqe named graph  1.5.2.2.1 importe l'ontologie de domaine  1.5.2.2.2 ne contient que des individus, axiomes et assertions valable sous l'hypothèse associée  1.5.2.3 pour l'utilisation : import (ou fusion) d'ontologies, à l'envie.  1.5.2.3.1 pas de problème si on renomme toutes les URI en PSO  1.5.2.3.2 punning : metamodelling