J.-B. Bohuon added doc.md  about 9 years ago

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# Introduction  Contexte : shift d'une manière de stocker les données aveugle à des données sémantiques.  Utilisable pour les données facilement (en remplacement d'une base de données   SQL) sans écrire d'axiomes importants dans l'ontologie. Travail des axiomes  et assertions de l'ontologie permet de stocker du __savoir__. Par conséquent,   de traduire ce qui est publié dans les articles scientifiques dans une ontologie.  Biologie : adopté puisque c'est le bazar dans les gènes. Gain : découvrabilité,  recoupement de gènes identiques.  Physique : Astronomie intéressée par RDF pour les données (à la place de SQL)  mais c'est tout.  Potentiel énorme en physique puisque domaine qui est rigoureux, donc qui est adapté  à une formalisation.  Objectif : écrire une ontologie ou un écosystème d'ontologies adapté à   la description des sciences physiques.  - problématique : écrire les hypothèses et stocker des informations qui dépendent  d'une hypothèses.  et décrire les sciences physiques avec une approche qui correspond au domaine   (domaine ontology) :  - Prendre en compte l'étude temporelle d'un phénomène (il sera possible de s'appuyer  sur des top-ontologies existantes : BFO)  - définir les objets, phénomènes, propriétés  ## État de l'art  ### Ontologies existantes  top : existe top ontologies cf BFO  domainTop : existe ontologies qui interdouisent les bases d'un domaine. cf BioTop  domaine: existe domain-ontologies cf OPB, QuONTOm, Astro  OPB : biais de biologiste (pas d'hypothèse, donc pas de physique)  QuONTOm : arrêté très vite. D'ailleurs, ont créé une top-onto   BioTop :   Astro : seulement du SQL en RDF :/  ### Implémentation de features  - hypothèses :  + écrire une proporety à chaque fois => prouvé que computable (ref singleton property Cambridge)  mais lourd à réaliser.   + réification : réifier un triplet pour écrire du méta. Pose tous les problèmes   de la réification  - top onto existantes ne prennent pas en compte les hypothèses : BFO, DOLCE  mais BFO traite des événements dans la vie d'un élément.  - domain onto pour la physique : QuONTOm et BFO recensent certains concepts.   Mais pas de formalisation des définitions (par exemple, qu'est-ce qu'une particule élémentaire)  ## Matériel et méthodes  Adoption de best practices (ref AI3)  ### Matériel  Protégé et édition en texte brut (syntaxe turtle)  visualisation avec VOWL (ontologie) et Isaviz (graphs RDF)  ### Écriture  import de "top" et c'est tout  embed de triplets en turtle utilisables soit dans une ontologie, soit dans un  graph RDF. utilisation de RDFa et développement en cours d'une extension à markdown  et pandoc pour embed du turtle directement.  puis raffiniment à partir de top pour défininr des classes intermédiaires (n'ayant  pas d'individu direct).  ### Hypothèses  travail sur les ontologies semblable aux Named Graphs :  importer l'(les) ontologie supérieure et y ajouter quelques axiomes et assertions.  Stockage de l'information sur les hypothèses et les différentes ontologies qui reposent   sur des hypothèses dans TH.   ### Écosystème  Séparation des niveaux top, domainTop, domain.  TH pous stocker tout ce qui relève des savoirs reposant sur des hypothèses.  PSO comme domainTop  PSO-hypothèse non pas comme domain specific mais comme hypothèses spécifique.  (après tout, un domaine est ce qui correspond aux savoirs sous une hypothèses fondamentale)  mais c'est pour éviter la confusion.  ### Modularité, TBox et ABox séparés  Le travail se fait avec ABox et TBox séparés  ## Résultats (ou plutot seulement avancées)  top  pso  pso-hyp/res  th  ### Étude de cas  #### Définition d'un objet par rapport à un caractères/ ses parties / une valeur  -> Particules élémentaires  #### Rolification d'une propriété  État physique  #### Hypothèses   # Conclusion  Implémentation des hypothèses et mise en place d'une mothode pour gérer les  savoirs dépendants d'une hypothèses.  Validation de la preuve de concept ? (objectif recherché à ce stade)  Utilisable pour récupérer ce qui est stocké dans les articles déjà publiés  et dans ce qui est publié.