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J.-B. Bohuon added doc.md
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# Introduction
Contexte : shift d'une manière de stocker les données aveugle à des données sémantiques.
Utilisable pour les données facilement (en remplacement d'une base de données
SQL) sans écrire d'axiomes importants dans l'ontologie. Travail des axiomes
et assertions de l'ontologie permet de stocker du __savoir__. Par conséquent,
de traduire ce qui est publié dans les articles scientifiques dans une ontologie.
Biologie : adopté puisque c'est le bazar dans les gènes. Gain : découvrabilité,
recoupement de gènes identiques.
Physique : Astronomie intéressée par RDF pour les données (à la place de SQL)
mais c'est tout.
Potentiel énorme en physique puisque domaine qui est rigoureux, donc qui est adapté
à une formalisation.
Objectif : écrire une ontologie ou un écosystème d'ontologies adapté à
la description des sciences physiques.
- problématique : écrire les hypothèses et stocker des informations qui dépendent
d'une hypothèses.
et décrire les sciences physiques avec une approche qui correspond au domaine
(domaine ontology) :
- Prendre en compte l'étude temporelle d'un phénomène (il sera possible de s'appuyer
sur des top-ontologies existantes : BFO)
- définir les objets, phénomènes, propriétés
## État de l'art
### Ontologies existantes
top : existe top ontologies cf BFO
domainTop : existe ontologies qui interdouisent les bases d'un domaine. cf BioTop
domaine: existe domain-ontologies cf OPB, QuONTOm, Astro
OPB : biais de biologiste (pas d'hypothèse, donc pas de physique)
QuONTOm : arrêté très vite. D'ailleurs, ont créé une top-onto
BioTop :
Astro : seulement du SQL en RDF :/
### Implémentation de features
- hypothèses :
+ écrire une proporety à chaque fois => prouvé que computable (ref singleton property Cambridge)
mais lourd à réaliser.
+ réification : réifier un triplet pour écrire du méta. Pose tous les problèmes
de la réification
- top onto existantes ne prennent pas en compte les hypothèses : BFO, DOLCE
mais BFO traite des événements dans la vie d'un élément.
- domain onto pour la physique : QuONTOm et BFO recensent certains concepts.
Mais pas de formalisation des définitions (par exemple, qu'est-ce qu'une particule élémentaire)
## Matériel et méthodes
Adoption de best practices (ref AI3)
### Matériel
Protégé et édition en texte brut (syntaxe turtle)
visualisation avec VOWL (ontologie) et Isaviz (graphs RDF)
### Écriture
import de "top" et c'est tout
embed de triplets en turtle utilisables soit dans une ontologie, soit dans un
graph RDF. utilisation de RDFa et développement en cours d'une extension à markdown
et pandoc pour embed du turtle directement.
puis raffiniment à partir de top pour défininr des classes intermédiaires (n'ayant
pas d'individu direct).
### Hypothèses
travail sur les ontologies semblable aux Named Graphs :
importer l'(les) ontologie supérieure et y ajouter quelques axiomes et assertions.
Stockage de l'information sur les hypothèses et les différentes ontologies qui reposent
sur des hypothèses dans TH.
### Écosystème
Séparation des niveaux top, domainTop, domain.
TH pous stocker tout ce qui relève des savoirs reposant sur des hypothèses.
PSO comme domainTop
PSO-hypothèse non pas comme domain specific mais comme hypothèses spécifique.
(après tout, un domaine est ce qui correspond aux savoirs sous une hypothèses fondamentale)
mais c'est pour éviter la confusion.
### Modularité, TBox et ABox séparés
Le travail se fait avec ABox et TBox séparés
## Résultats (ou plutot seulement avancées)
top
pso
pso-hyp/res
th
### Étude de cas
#### Définition d'un objet par rapport à un caractères/ ses parties / une valeur
-> Particules élémentaires
#### Rolification d'une propriété
État physique
#### Hypothèses
# Conclusion
Implémentation des hypothèses et mise en place d'une mothode pour gérer les
savoirs dépendants d'une hypothèses.
Validation de la preuve de concept ? (objectif recherché à ce stade)
Utilisable pour récupérer ce qui est stocké dans les articles déjà publiés
et dans ce qui est publié.