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Coletas embarcadas para foto-identificação e contagem de grupos foram realizadas anualmente entre julho e novembro de 1989 a 2011. Para as coletas foram utilizadas embarcações de madeira ou fibra de vidro com 14 a 18 metros de comprimento e motorização a diesel. As campanhas partiram da cidade de Caravelas no Sul da Bahia, com duração de 3 a 5 dias. Foram percorridas rotas visando cobrir regiões distintas a cada dia de amostragem, geralmente pernoitando no Arquipélago dos Abrolhos.    A procura por grupos de baleia iniciava sempre no início da manhã e durava até o final do dia, enquanto houvesse luz e quando as condições meteorológicas estavam favoráveis. Quando o estado do mar estava maior que 5 na escala Beaufort ou quando houvesse chuvas, a amostragem era paralisada até que as condições se tornassem adequadas. Os grupos eram procurados a olho nu por no mínimo três observadores que permaneciam no ponto mais alto da embarcação. Quando um grupo de baleias era detectado, a embarcação seguia o mesmo por até 50 minutos (30 minutos quando havia filhote). Dados como a hora do dia, coordenadas geográficas, tamanho e composição do grupo, presença de filhote e comportamento era registrados em fichas de campo. Os filhotes foram considerados como indivíduos com menos de 50% 50 por cento  do comprimento da fêmea, indivíduo adulto que o acompanha \cite{Clapham_1987}.   A embarcação seguia os grupos da baleia-jubarte visando obter fotografias da parte ventral de suas nadadeiras caudais, que permite a identificação individual através dos padrões de pigmentação que variam de todo branco a todo preto \cite{Katona_1981}. Entre 1989 e 2003, as fotografias eram tiradas com máquinas analógicas \cite{freitas2004abundance}. A partir de 2004, foram utilizadas máquinas digitais. Foram usadas lentes com distância focal entre 200 e 400 mm, permitindo maior ampliação das caudas. As caudas foram classificadas em cinco padrões de acordo com a proporção de branco e preto da cauda (Padrão 1 – toda branca e Padrão 5 – toda preta). As fotografias foram comparadas com outras fotos do mesmo padrão e dos padrões adjacentes. Quando um indivíduo novo era identificado, a melhor fotografia era inserida em um catálogo base. Somente fotografias de boa qualidade foram consideradas, seguindo os seguintes critérios: (a) foco correto, (b) ângulo vertical e perpendicular ao fotógrafo, e (c) fotometria adequada – pigmentação branca e preta visível. Duas a três pessoas realizaram as comparações de fotos independentemente. Depois da comparação, os resultados eram confrontados visando reduzir os erros.