li elementi essenziali di un sistema acquaponico sono 5 e sono mostrati nella Figura 4.6 (J. Rakocy et al. 2003): 
L'effluente dalla vasca per l'allevamento dei pesci viene trattato per primo per ridurre la materia organica presente sottoforma di solidi sedimentabili e sospesi.
Successivamente, l'acqua di coltura viene trattata per rimuovere ammoniaca e nitrati attraverso il biofiltro. Quindi, l'acqua scorre nell’unità idroponica dove alcuni nutrienti disciolti vengono assorbiti dalle piante.
Infine, l'acqua si raccoglie in un pozzetto e viene restituita al serbatoio di allevamento.
Il biofiltro e i componenti idroponici possono essere combinati usando mezzi di supporto per la coltivazione delle piante (sistemi idroponici con substrato) che funzionano anche come biofiltro. La combinazione della biofiltrazione con l'idroponica è un obiettivo desiderabile perché l'eliminazione delle spese di un biofiltro separato è uno dei principali vantaggi dell'acquaponica.
Un design alternativo combina la rimozione dei solidi, la biofiltrazione e l'idroponica in un'unica unità. Il materiale di supporto cattura i solidi e fornisce una superficie per la nitrificazione, sebbene con questo design sia importante non sovraccaricare l'unità con solidi sospesi (Rakocy et al. 2003).
Inoltre il Dr. Rakocy ha fissato 10 linee guida per i sistemi acquaponici, quali: