References
1. C. Drosten, S. Günther, W. Preiser, S. van der Werf, H.-R. Brodt, S.
Becker, H. Rabenau, M. Panning, L. Kolesnikova, R. A. M. Fouchier, A.
Berger, A.-M. Burguière, J. Cinatl, M. Eickmann, N. Escriou, K. Grywna,
S. Kramme, J.-C. Manuguerra, S. Müller, V. Rickerts, M. Stürmer, S.
Vieth, H.-D. Klenk, A. D. M. E. Osterhaus, H. Schmitz, H. W. Doerr,N. Engl. J. Med. 2003 , 348 , Issue 20, pp.
1967–1976https://doi.org/10.1056/nejmoa030747
2. T. G. Ksiazek, D. Erdman, C. S. S. R. Goldsmith, Zaki, T. Peret, S.
Emery, S. Tong, C. Urbani, J. A. Comer, W. Lim, P. E. Rollin, S. F.
Dowell, A.-E. Ling, C. D. Humphrey, W.-J. Shieh, J. Guarner, C. D.
Paddock, P. Rota, B. Fields, J. DeRisi, J. Y. Yang, N. Cox, J. M.
Hughes, J. W. LeDuc, W. J. Bellini, L. J. Anderson, SARS Working Group,N. Engl. J. Med. 2003 , 348 , Issue 20, pp.
1953–1966https://doi.org/10.1056/nejmoa030781
3. A. M. Zaki, S. van Boheemen, T. M. Bestebroer, A. D. M. Osterhaus, R.
A. M. Fouchier, N. Engl. J. Med. 2012 , 367 , Issue
19, pp. 1814–1820https://doi.org/10.1056/nejmoa1211721
4. L. H. Taylor, S. M. Latham, M. E. J. Woolhouse, Philos. Trans.
R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2001 , 356 , 983–9http://dx.doi.org/10.1098/rstb.2001.0888
5. M. E. J. Woolhouse, S. Gowtage-Sequeria, Emerging Infectious
Diseases , 2005 , 11 , 1842–1847http://doi.org/10.3201/eid1112.050997
6. K. E. Jones, N. G. Patel, M. A. Levy, A. Storeygard, D. Balk, J. L.
Gittleman, P. Daszak, Nature 2008 , 451 , 990–993https://doi.org/10.1038/nature06536
7. R. Sanjuán, P. Domingo-Calap, Cell. Mol. Life Sci .2016 , 73 , Issue 23, pp. 4433–4448https://doi.org/10.1007/s00018-016-2299-6
8. K. M. Peck, A. S. Lauring, J. Virol. 2018, 92https://doi.org/10.1128/JVI.01031-17
9. M. Vignuzzi, J. K. Stone, J. J. Arnold, C. E. Cameron, R. Andino,Nature 2006 , 439 , Issue 7074, pp. 344–348https://doi.org/10.1038/nature04388
10. P. Simmonds, P. Aiewsakun, A. Katzourakis, Nat. Rev.
Microbiol . 2019 , 17 , 321–328https://doi.org/10.1038/s41579-018-0120-2
11. K. Yi, S. Y. Kim, T. Bleazard, T. Kim, J. Youk, Y. S. Ju, Exp.
Mol. Med. 2021 , 53 , 1229–1237https://doi.org/10.1038/s12276-021-00658-z
12. J. A. Casbon, R. J. Osborne, S. Brenner, C. P. Lichtenstein,Nucleic Acids Res. 2011 , 39 , e81https://doi.org/10.1093/nar/gkr217
13. I. Kinde, J. Wu, N. Papadopoulos, K. W. Kinzler, B. Vogelstein,Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 , 108 , Issue
23, pp. 9530–9535https://doi.org/10.1073/pnas.1105422108
14. T. M. Blomquist, E. L. Crawford, J. L. Lovett, J. Yeo, L. M.
Stanoszek, A. Levin, J. Li, M. Lu, L. Shi, K. Muldrew, J. C. Willey,PLoS ONE 2013 , 8 , Issue 11, p. e79120https://doi.org/10.1371/journal.pone.0079120
15. G. K. Fu, W. Xu, J. Wilhelmy, M. N. Mindrinos, R. W. Davis, W. Xiao,
S. P. A. Fodor, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 ,111 , Issue 5, pp. 1891–1896https://doi.org/10.1073/pnas.1323732111
16. T. Kivioja, A. Vähärautio, K. Karlsson, M. Bonke, M. Enge, S.
Linnarsson, J. Taipale, Nat. Methods 2011 , 9 ,
72–74https://doi.org/10.1038/nmeth.1778
17. C. B. Jabara, C. D. Jones, J. Roach, J. A. Anderson, R. Swanstrom,Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 , 108 ,
20166–20171https://doi.org/10.1073/pnas.1110064108
18. Q. Peng, R. Vijaya Satya, M. Lewis, P. Randad, Y. Wang, BMC
Genomics 2015 , 16 , 589https://doi.org/10.1186/s12864-015-1806-8
19. M. W. Schmitt, S. R. Kennedy, J. J. Salk, E. J. Fox, J. B. Hiatt, L.
A. Loeb, Proc. Natl. Acad. Sci . U. S. A. 2012 ,09 , Issue 36, pp. 14508–14513https://doi.org/10.1073/pnas.1208715109
20. J. B. Hiatt, R. P. Patwardhan, E. H. Turner, C. Lee, J. Shendure,Nat. Methods 2010 , 7 , Issue 2, pp. 119–122https://doi.org/10.1038/nmeth.1416
21. G. K. Fu, J. Hu, P.-H. Wang, S. P. A. Fodor, Proc. Natl. Acad.
Sci. U. S. A. 2011 , 108 , Issue 22, pp. 9026–9031https://doi.org/10.1073/pnas.1017621108
22. K. Shiroguchi, T. Z. Jia, P. A. Sims, X. S. Xie, Proc. Natl.
Acad. Sci. U. S. A. 2012 , 109 , Issue 4, pp. 1347–1352https://doi.org/10.1073/pnas.1118018109
23. J. B. Hiatt, C. C. Pritchard, S. J. Salipante, B. J. O’Roak, J.
Shendure, Genome Res. 2013 , 23 , Issue 5, pp.
843–854https://doi.org/10.1101/gr.147686.112
24. A. Varble, R. A. Albrecht, S. Backes, M. Crumiller, N. M. Bouvier,
D. Sachs, A. García-Sastre, A., B. R. tenOever, Cell Host &
Microbe 2014 , 16 , 691–700https://doi.org/10.1016/j.chom.2014.09.020
25. H.-C. Chen, J. P. Martinez, E. Zorita, A. Meyerhans, G. J. Filion,Nat. Struct. Mol. Biol. 2017 , 24 , Issue 1, pp.
47–54https://doi.org/10.1038/nsmb.3328
26. M. T. Aliota, D. M. Dudley, C. M. Newman, J. Weger-Lucarelli, L. M.
Stewart, M. R. Koenig, M. E. Breitbach, A. M. Weiler, M. R. Semler, G.
L. Barry, K. R. Zarbock, A. K. Haj, R. V. Moriarty, M. S. Mohns, E. L.
Mohr, V. Venturi, N. Schultz-Darken, E. Peterson, W. Newton, M. L.
Schotzko, H. A. Simmons, A. Mejia, J. M. Hayes, S. 3rd Capuano, M. P.
Davenport, T. C. Friedrich, G. D. Ebel, S. L. O’Connor, D. H. O’Connor,PLoS Pathog. 2018 , 14 , e1006964https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006964
27. K. U. Ludwig, R. M. Schmithausen, D. Li, M. L. Jacobs, R. Hollstein,
K. Blumenstock, J. Liebing, M. Słabicki, A. Ben-Shmuel, O. Israeli, S.
Weiss, T. S. Ebert, N. Paran, W. Rüdiger, G. Wilbring, D. Feldman, B.
Lippke, N. Ishorst, L. M. Hochfeld, E. C. Beins, I. H. Kaltheuner, M.
Schmitz, A. Wöhler, M. Döhla, E. Sib, M. Jentzsch, J. D. Borrajo, J.
Strecker, J. Reinhardt, B. Cleary, M. Geyer, M. Hölzel, R. Macrae, M. M.
Nöthen, P. Hoffmann, M. Exner, A. Regev, F. Zhang, J. L. Schmid-Burgk,Nat. Biotechnol. 2012 , 39 , 1556–1562https://doi.org/10.1038/s41587-021-00966-9
28. K. Adachi, T. Enoki, Y. Kawano, M. Veraz, H. Nakai, Nat.
Commun. 2014 , 5 , 3075https://doi.org/10.1038/ncomms4075
29. E. Domingo, Vet. Res . 2010 , 41 , 38.https://doi.org/10.1051/vetres/2010010
30. E. Domingo, J. J. Holland, Annu. Rev. Microbiol.1997 , 51 , 151–178https://doi.org/10.1146/annurev.micro.51.1.151
31. A. R. Wargo, G. Kurath, Curr. Opin. Virol. 2012 ,2 , 538–545https://doi.org/10.1016/j.coviro.2012.07.007
32. E. H. Turner, C. Lee, S. B. Ng, D. A. Nickerson, J. Shendure,Nat. Methods 2009 , 6 , Issue 5, pp. 315–316https://doi.org/10.1038/nmeth.f.248
33. P. Shen, W. Wang, S. Krishnakumar, C. Palm, A.-K. Chi, G. M. Enns,
R. W. Davis, T. P. Speed, M. N. Mindrinos, C. Scharfe, Proc. Natl.
Acad. Sci. U. S. A. 2011 , 108 , 6549–6554https://doi.org/10.1073/pnas.1018981108
34. B. J. O’Roak, L. Vives, W. Fu, J. D. Egertson, I. B. Stanaway, I. G.
Phelps, G. Carvill, A. Kumar, C. Lee, K. Ankenman, J. Munson, J. B.
Hiatt, E. H. Turner, R. Levy, D. R. O’Day, N. Krumm, B. P. Coe, B. K.
Martin, E. Borenstein, D. A. Nickerson, H. C. Mefford, D. Doherty, J. M.
Akey, R. Bernier, E. E. Eichler, J. Shendure, Science2012 , 338 , 1619–1622https://doi.org/10.1126/science.1227764
35. P. Nguyen, J. Ma, D. Pei, C. Obert, C. Cheng, T. L. Geiger,BMC Genomics 2011 , 12 , Issue 1https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-106
36. R. W. Hamming, The Bell System Technical Journal1950 , 29 , Issue 2, pp. 147–160https://doi.org/10.1002/j.1538-7305.1950.tb00463.x
37. M. Hamady, J. J. Walker, J. Kirk Harris, N. J. Gold, R. Knight,Nat. Methods 2008 , 5 , Issue 3, pp. 235–237).https://doi.org/10.1038/nmeth.1184
38. V. I. Levenshtein, Sov. Phys.-Dokl. 1966 , 10 ,
no. 8, pp. 707–710
39. COVID-19 situation update worldwide, as of week 18, updated 12 May
2022. (n.d.). Retrieved May 14, 2022, fromhttps://www.ecdc.europa.eu/en/geographical-distribution-2019-ncov-cases
40. D. P. Oran, E. J. Topol, Ann. Intern. Med. 2021 ,174 , 1344-1345https://doi.org/10.7326/M20-6976
41. D. Berger, K. Herkenhoff, S. Mongey, NBER Working Paper No.
26901 2020https://doi.org/10.3386/w26901
42. J. Taipale, P. Romer, S. Linnarsson, medRxiv 2020https://doi.org/10.1101/2020.04.27.20078329
43. C. M. Peak, R. Kahn, Y. H. Grad, L. M. Childs, R. Li, M. Lipsitch,
C. O. Buckee, Lancet Infect. Dis. 2020 , 20 , Issue
9, pp. 1025–1033https://doi.org/10.1016/s1473-3099(20)30361-3
44. T. Notomi, H. Okayama, H. Masubuchi, T. Yonekawa, K. Watanabe, N.
Amino, T. Hase, Nucleic Acids Res. 2020, 28, E63https://doi.org/10.1093/nar/28.12.e63
45. K. Nagamine, T. Hase, T. Notomi, Mol. Cell. Probes2002 , 16 , 223–229https://doi.org/10.1006/mcpr.2002.0415
46. P. F. N. Estrela, G. de Melo Mendes, K. G. de Oliveira, A. M.
Bailão, C. M. de Almeida Soares, N. A. Assunção, G. R. M. Duarte,J. Virol. Methods 2019 , 271 , p. 113675https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2019.113675
47. M. W. Schmitt, S. R. Kennedy,J. J. Salk, E. J. Fox, J. B. Hiatt, L.
A. Loeb, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 ,109 , Issue 36, pp. 14508–14513https://doi.org/10.1073/pnas.1208715109
48. D. Thompson, Y. Lei, Sens. Actuators Rep. 2020 ,2 , Issue 1, p. 100017https://doi.org/10.1016/j.snr.2020.100017
49. B. H. Bloom, Commun. ACM 1970 , 13 , Issue 7,
pp. 422–426https://doi.org/10.1145/362686.362692
50. J. S. Bloom, E. M. Jones, M. Gasperini, N. B. Lubock, L. Sathe, C.
Munugala, A. S. Booeshaghi, O. F. Brandenberg, L. Guo, J. Boocock, S. W.
Simpkins, I. Lin, N. LaPierre, D. Hong, Y. Zhang, G. Oland, B. J. Choe,
S. Chandrasekaran, E. E. Hilt, M. J. Butte, R. Damoiseaux, C. Kravit, A.
R. Cooper, Y. Yin, L. Pachter, O. B. Garner, J. Flint, E. Eskin, C. Luo,
S. Kosuri, L. Kruglyak, V. A. Arboleda, medRxiv , 2020 ,https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167874
51. J. S. Bloom, L. Sathe, C. Munugala, E. M. Jones, M. Gasperini, N. B.
Lubock, F. Yarza, E. M. Thompson, K. M. Kovary, J. Park, D. Marquette,
S. Kay, M. Lucas, T. Love, A. Sina Booeshaghi, O. F. Brandenberg, L.
Guo, J. Boocock, M. Hochman, S. W. Simpkins, I. Lin, N. LaPierre, D.
Hong, Y. Zhang, G. Oland, B. J. Choe, S. Chandrasekaran, E. E. Hilt, M.
J. Butte, R. Damoiseaux, C. Kravit, A. R. Cooper, Y. Yin, L. Pachter, O.
B. Garner, J. Flint, E. Eskin, C. Luo, S. Kosuri, L. Kruglyak, V. A.
Arboleda, Nat. Biomed. Eng. 2021 , 5 , 657–665https://doi.org/10.1038/s41551-021-00754-5
52. L. Yujian, L. Bo, IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell.2007 , 29 , Issue 6, pp. 1091–1095https://doi.org/10.1109/tpami.2007.1078
53. N. E. Freed, M. Vlková, M. B. Faisal, O. K. Silander, Biol.
Methods Protoc. 2020 , 5https://doi.org/10.1093/biomethods/bpaa014
54. P. James, D. Stoddart, E. D. Harrington, J. Beaulaurier, L. Ly, S.
W. Reid, D. J. urner, S. Juul, medRxiv 2020https://doi.org/10.1101/2020.08.07.20161737
55. M.-M. Aynaud, J. J. Hernandez, S. Barutcu, U. Braunschweig, K. Chan,
J. D. Pearson, D. Trcka, S. L. Prosser, J. Kim, M. Barrios-Rodiles, M.
Jen, S. Song, J. Shen, C. Bruce, B. Hazlett, S. Poutanen, L. Attisano,
R. Bremner, B. J. Blencowe, T. Mazzulli, H. Han, L. Pelletier, J. L.
Wrana, Nat. Commun. 2021 , 12 , 1405https://doi.org/10.1038/s41467-021-21653-y
56. P. M. Sharp, B. H. Hahn, Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol.
Sci. 2010 , 365 , Issue 1552, pp. 2487–2494https://doi.org/10.1098/rstb.2010.0031
57. J. W. B. van der Giessen, L. D. Isken, E. W. Tiemersma, The
National Institute for Public Health and the Environmen 2004https://www.rivm.nl/bibliotheek/rapporten/330200002.pdf
58. HIV/AIDS. (n.d.). Retrieved May 15, 2022, fromhttps://www.who.int/data/gho/data/themes/hiv-aids
59. Global HIV & AIDS statistics — 2020 fact sheet. (n.d.). Retrieved
May 15, 2022, fromhttps://www.unaids.org/en/resources/fact-sheet
60. H.-C. Chen, E. Zorita, E., G. J. Filion, Curr. Protoc. Mol.
Biol. 2018 , 122 , Issue 1https://doi.org/10.1002/cpmb.56
61. M. D. Marsden, T.-H. Zhang, Y. Du, M. Dimapasoc, M. S. A. Soliman,
X. Wu, J. T. Kim, A. Shimizu, A. Schrier, P. A. Wender, R. Sun, J. A.
Zack, Cell Rep. Med. 2020 , 1 , 100162https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2020.100162
62. A. Ali, O. O. Yang, J. Virol. Methods 2006 ,133 , Issue 1, pp. 41–47https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2005.10.016
63. C. M. Fennessey, M. Pinkevych, T. T. Immonen, A. Reynaldi, V.
Venturi, P. Nadella, C. Reid, L. Newman, L. Lipkey, K. Oswald, W. J.
Bosche, M. T. Trivett, C. Ohlen, D. E. Ott, J. D. Estes, G. Q. Del
Prete, J. D. Lifson,M. P. Davenport, B. F. Keele, PLoS Pathog .2017 , 13 , e1006359https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006359
64. M. Woolhouse, E. Gaunt, Crit. Rev. Microbiol. 2007 ,33 , 231–242https://doi.org/10.1080/10408410701647560
65. A. Varble, M. A. Chua, J. T. Perez, B. Manicassamy, A.
Garcia-Sastre, B. R. tenOever, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2010 , 107 , Issue 25, pp. 11519–11524https://doi.org/10.1073/pnas.1003115107
66. J. M. Silva, M. Z. Li, K. Chang, W. Ge, M. C. Golding, R. J.
Rickles, D. Siolas, G. Hu, P. J. Paddison, M. R. Schlabach, N. Sheth, J.
Bradshaw, J. Burchard, A. Kulkarni, G. Cavet, R. Sachidanandam, W. R.
McCombie, M. A. Cleary, S. J. Elledge, G. J. Hannon, Nat. Genet.2005 , 37 , 1281–1288https://doi.org/10.1038/ng1650
67. A. B. Russell, C. Trapnell, J. D. Bloom, eLife 2018 ,7https://doi.org/10.7554/eLife.32303
68. A. M. Klein, L. Mazutis, I. Akartuna, N. Tallapragada, A. Veres, V.
Li, L. Peshkin, D. A. Weitz, M. W. Kirschner, Cell 2015 ,61 , Issue 5, pp. 1187–1201https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.044
69. G. Kuno, G.-J. J. Chang, Arch. Virol. 2007 ,152 , Issue 4, pp. 687–696https://doi.org/10.1007/s00705-006-0903-z
70. H. F. Günthard, J. K. Wong, C. C. Ignacio, D. V. Havlir, D. D.
Richman, AIDS Res. Hum. Retroviruses 1998 ,14 ,
Issue 10, pp. 869–876https://doi.org/10.1089/aid.1998.14.869
71. K. Van Laethem, K. Van Vaerenbergh, J.-C. Schmit, S. Sprecher, P.
Hermans, V. De Vroey, R. Schuurman, T. Harrer, M. Witvrouw, E. Van
Wijngaerden, L. Stuyver, M. Van Ranst, J. Desmyter, E. De Clercq, A.-M.
Vandamme, J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 1999 ,22 , Issue 2, p. 107https://doi.org/10.1097/00126334-199910010-00001
72. L. Weinberger, R. Dar, M. Simpson, Nat. Genet . 2008 ,40 , 466-70https://doi.org/10.1038/ng.116
73. B. S. Razooky, A. Pai, K. Aull, I. M. Rouzine, L. S. Weinberger,Cell 2015 , 160 , 990–1001https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.02.009
74. H. J. Müller, Journ. of Gen. 1930 , 22 , Issue
3, pp. 299–334https://doi.org/10.1007/bf02984195
75. A. Jordan, EMBO J. 2001 , 20 , Issue 7, pp.
1726–1738https://doi.org/10.1093/emboj/20.7.1726
76. G. Vansant, H.-C. Chen, E. Zorita, K. Trejbalová, D. Miklík, G.
Filion, Z. Debyser, Nucleic Acids Res. 2020 , 48 ,
Issue 14, pp. 7801–7817https://doi.org/10.1093/nar/gkaa536
77. F. Christ, A. Voet, A. Marchand, S. Nicolet, B. A. Desimmie, D.
Marchand, D. Bardiot, N. J. Van der Veken, B. Van Remoortel, S. V.
Strelkov, M. De Maeyer, P. Chaltin, Z. Debyser, Nat. Chem. Biol.2010 , 6 , 442–448https://doi.org/10.1038/nchembio.370
78. J. Demeulemeester, P. Chaltin, A. Marchand, M. De Maeyer, Z.
Debyser, F. Christ, Expert Opin. Ther. Pat. 2014 ,24 , Issue 6, pp. 609–632https://doi.org/10.1517/13543776.2014.898753
79. C. Gini, Concentration and dependency ratios (in Italian). English
translation in Rivista di Politica Economica 1997 ,
87 , 769–789 (1909)
80. C. B. Brooke, W. L. Ince, J. Wei, J. R. Bennink, J. W. Yewdell,Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 , 111 ,
16854–16859https://doi.org/10.1073/pnas.1415396111
81. F. S. Heldt, S. Y. Kupke, S. Dorl, U. Reichl, T. Frensing,Nat. Commun . 2015 , 6 , Issue 1https://doi.org/10.1038/ncomms9938
82. D. Dou, I. Hernández-Neuta, H. Wang, H. Östbye, X. Qian, S. Thiele,
P. Resa-Infante, N. M. Kouassi, V. Sender, K. Hentrich, P. Mellroth, B.
Henriques-Normark, G. Gabriel, M. Nilsson, R. Daniels, Cell Rep .2017 , 20 , Issue 1, pp. 251–263https://doi.org/10.1016/j.celrep.2017.06.021
83. T.-W. Chun,L. Stuyver, S. B. Mizell, L. A. Ehler, J. A. M. Mican, M.
Baseler, A. L. Lloyd, M. A. Nowak, A. S. Fauci, Proc. Natl. Acad.
Sci. U. S. A. 1997 , 94 , Issue 24, pp. 13193–13197https://doi.org/10.1073/pnas.94.24.13193
84. T.-W. Chun, R. T. Davey Jr, D. Engel, H.-C. Lane, A. S. Fauci,Nature 1999 , 401 , 874–875https://doi.org/10.1038/44755
85. D. Finzi, J. Blankson, J. D. Siliciano, J. B. Margolick, K.
Chadwick, T. Pierson, K. Smith, J. Lisziewicz, F. Lori, C. Flexner, T.
C. Quinn, R. E. Chaisson, E. Rosenberg, B. Walker, S. Gange, J. Gallant,
R. F. Siliciano, Nat. Med. 1999 , 5 , Issue 5, pp.
512–517https://doi.org/10.1038/8394
86. N. M. Archin, A. L. Liberty, A. D. Kashuba, S. K. Choudhary, J. D.
Kuruc, A. M. Crooks, D. C. Parker, E. M. Anderson, M. F. Kearney, M. C.
Strain, D. D. Richman, M. G. Hudgens, R. J. Bosch, J. M. Coffin, J. J.
Eron, D. J. Hazuda, D. M. Margolis, Nature 2012 ,487 , 482–485https://doi.org/10.1038/nature11286
87. A. R. Cillo, M. D. Sobolewski, R. J. Bosch, E. Fyne, M. Piatak, J.
M. Coffin, J. W. Mellors, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2014 , 111 , Issue 19, pp. 7078–7083https://doi.org/10.1073/pnas.1402873111
88. C. K. Bullen, G. M. Laird, C. M. Durand, J. D. Siliciano, R. F.
Siliciano, Nat. Med. 2014 , 20 , 425–429https://doi.org/10.1038/nm.3489
89. E. Battivelli, M. S. Dahabieh, M. Abdel-Mohsen, J. Peter Svensson,
I. T. Da Silva, L. B. Cohn, A. Gramatica, S. Deeks, W. C. Greene, S. K.
Pillai, E. Verdin, eLife 2018 , 7
https://doi.org/10.7554/elife.34655
90. T. Rasmussen, M. Tolstrup, A. Winckelmann, L. Østergaard, O. S.
Søgaard, Hum. Vaccin. Immunother. 2013 , 9 , Issue
4, pp. 790–799https://doi.org/10.4161/hv.23202
91. C. Banerjee, N. Archin, D. Michaels, A. C. Belkina, G. V. Denis, J.
Bradner, P. Sebastiani, D. M. Margolis, M. Montano, J. Leukoc.
Biol. 2012 , 92 , Issue 6, pp. 1147–1154https://doi.org/10.1189/jlb.0312165
92. D. Boehm, V. Calvanese, R. D. Dar, S. Xing, S. Schroeder, L.
Martins, K. Aull, P.-C. Li, V. Planelles, J. E. Bradner, M.-M. Zhou, R.
F. Siliciano, L. Weinberger, E. Verdin, M. Ott, Cell Cycle2013 , 12 , Issue 3, pp. 452–462https://doi.org/10.4161/cc.23309
93. P. Filippakopoulos, J. Qi, S. Picaud, Y. Shen, W. B. Smith, O.
Fedorov, E. M. Morse, T. Keates, T. T. Hickman, I. Felletar, M.
Philpott, S. Munro, M. R. McKeown, Y. Wang, A. L. Christie, N. West, M.
J. Cameron, B. Schwartz, T. D. Heightman, N. La Thangue, C. A. French,
O. Wiest, A. L. Kung, S. Knapp, J. E. Bradner, Nature2010 , 468 , Issue 7327, pp. 1067–1073https://doi.org/10.1038/nature09504
94. Z. Li, J. Guo, Y. Wu, Q. Zhou, Nucleic Acids Res.2013 , 41 , Issue 1, pp. 277–287https://doi.org/10.1093/nar/gks976
95. J. Zhu, G. D. Gaiha, S. P. John, T. Pertel, C. R. Chin, G. Gao, H.
Qu, B. D. Walker, S. J. Elledge, A. L. Brass, Cell Rep.2012 , 2 , Issue 4, pp. 807–816https://doi.org/10.1016/j.celrep.2012.09.008
96. R. Mehla, S. Bivalkar-Mehla, R. Zhang, I. Handy, H. Albrecht, S.
Giri, P. Nagarkatti, M. Nagarkatti, A. Chauhan, PLoS ONE2010 , 5 , Issue 6, p. e11160https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011160
97. G. del Real, S. Jiménez-Baranda, E. Mira, R. A. Lacalle, P. Lucas,
C. Gómez-Moutón, M. Alegret, J. M. Peña, M. Rodríguez-Zapata, M.
Alvarez-Mon, C. Martínez-A., S. Mañes, J. Exp. Med.2004 , 200 , Issue 4, pp. 541–547https://doi.org/10.1084/jem.20040061
98. M. D. Marsden, J. A. Zack, Annu. Rev. Virol. 2017 ,4 , Issue 1, pp. 393–412https://doi.org/10.1146/annurev-virology-101416-041703
99. M. D. Marsden, B. A. Loy, X. Wu, C. M. Ramirez, A. J. Schrier, D.
Murray, A. Shimizu, S. M. Ryckbosch, K. E. Near, T.-W. Chun, P. A.
Wender, J. A. Zack, PLoS Pathog . 2017 , 13 ,
e1006575https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006575
100. G. M. Laird, C. Korin Bullen, D. I. S. Rosenbloom, A. R. Martin, A.
L. Hill, C. M. Durand, J. D. Siliciano, R. F. Siliciano, J. Clin.
Invest. 2015 , 125 , Issue 5, pp. 1901–1912https://doi.org/10.1172/jci80142
101. A. Shen, M. Christine Zink, J. L. Mankowski, K. Chadwick, J. B.
Margolick, L. M. Carruth, M. Li, J. E. Clements, R. F. Siliciano,J. Virol . 2003 , 77 , Issue 8, pp. 4938–4949https://doi.org/10.1128/jvi.77.8.4938-4949.2003
102. J. B. Dinoso, S. Alireza Rabi, J. N. Blankson, L. Gama, J. L.
Mankowski, R. F. Siliciano, M. Christine Zink, J. E. Clements, J.
Virol . 2009 , 83 , Issue 18, pp. 9247–9257https://doi.org/10.1128/jvi.00840-09
103. J. B. Whitney, A. L. Hill, S. Sanisetty, P. Penaloza-MacMaster, J.
Liu, M. Shetty, L. Parenteau, C. Cabral, J. Shields, S. Blackmore, J. Y.
Smith, A. L. Brinkman, L. E. Peter, S. I. Mathew, K. M. Smith, E. N.
Borducchi, D. I. S. Rosenbloom, M. G. Lewis, J. Hattersley, B. Li, J.
Hesselgesser, R. Geleziunas, M. L. Robb, J. H. Kim, N. L. Michael, D. H.
Barouch, Nature 2014 , 512 , Issue 7512, pp. 74–77https://doi.org/10.1038/nature13594
104. E. N. Borducchi, C. Cabral, K. E. Stephenson, J. Liu, P. Abbink, D.
Ng’ang’a, J. P. Nkolola, A. L. Brinkman, L. Peter, B. C. Lee, J.
Jimenez, D. Jetton, J. Mondesir, S. Mojta, A. Chandrashekar, K. Molloy,
G. Alter, J. M. Gerold, A. L. Hill, M. G. Lewis, M. G. Pau, H.
Schuitemaker, J. Hesselgesser, R. Geleziunas, J. H. Kim, M. L. Robb, N.
L. Michael, D. H. Barouch, Nature 2016 , 540 ,
Issue 7632, pp. 284–287https://doi.org/10.1038/nature20583
105. G. Q. D. Prete, G. Q. Del Prete, J. D. Lifson, Curr. Top.
Microbiol. Immunol . 2017 , 417 , pp. 69–109https://doi.org/10.1007/82_2017_73
106. S. Khanal, C. M. Fennessey, S. P. O’Brien, A. Thorpe, C. Reid, T.
T. Immonen, R. Smith, J. W. Bess, A. E. Swanstrom, G. Q. Del Prete, M.
P. Davenport, A. A. Okoye, L. J. Picker, J. D. Lifson, B. F. Keele,J. Virol . 2019 , 94 , Issue 1https://doi.org/10.1128/jvi.01420-19
107. T. T. Immonen, C. Camus, C. Reid, C. M. Fennessey, G. Q. Del Prete,
M. P. Davenport, J. D. Lifson, B. F. Keele, Proc. Natl. Acad. Sci.
U. S. A. 2020 , 117 , 494–502https://doi.org/10.1073/pnas.1914967117
108. M. Pinkevych, C. M. Fennessey, D. Cromer, C. Reid, C. M. Trubey, J.
D. Lifson, B. F. Keele, M. P. Davenport, eLife 2019 ,8https://doi.org/10.7554/eLife.49022
109. S. Long, C. M. Fennessey, L. Newman, C. Reid, S. P. O’Brien, Y. Li,
G. Q. Del Prete, J. D. Lifson, R. J. Gorelick, B. F. Keele, J.
Virol. 2019 , 94https://doi.org/10.1128/JVI.01308-19
110. T. T. Immonen, C. M. Fennessey, L. Lipkey, A. Thorpe, G. Q. Del
Prete, J. D. Lifson, M. P. Davenport, B. F. Keele, PLoS Pathog .2021 , 17 , e1009686https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009686
111. A. E. Swanstrom, T. T. Immonen, K. Oswald, C. Pyle, J. A. Thomas,
W. J. Bosche, L. Silipino, M. Hull, L. Newman, V. Coalter, A. Wiles, R.
Wiles, J. Kiser, D. R. Morcock, R. Shoemaker, R. Fast, M. W. Breed, J.
Kramer, D. Donohue, T. Malys, C. M. Fennessey, C. M. Trubey, C. Deleage,
J. D. Estes, J. D. Lifson, B. F. Keele, G. Q. Del Prete, J. Clin.
Invest. 2021 , 131https://doi.org/10.1172/JCI142421
112. W. H. Frost, Public Health Reports (1896-1970)1920 , 35 , Issue 11, p. 584https://doi.org/10.2307/4575511
113. N. P. A. S. Johnson, N. P. A. Johnson, J. Mueller, Bull.
Hist. Med . 2002 , 76 , Issue 1, pp. 105–115https://doi.org/10.1353/bhm.2002.0022
114. R. G. Webster, W. J. Bean, O. T. Gorman, T. M. Chambers, Y.
Kawaoka, Microbiol. Rev. 1992 , 56 , Issue 1, pp.
152–179https://doi.org/10.1128/mr.56.1.152-179.1992
115. K. F. Shortridge, N. N. Zhou, Y. Guan, P. Gao, T. Ito, Y. Kawaoka,
S. Kodihalli, S. Krauss, D. Markwell, K. Gopal Murti, M. Norwood, D.
Senne, L. Sims, A. Takada, R. G. Webster, Virology 1998 ,252 , Issue 2, pp. 331–342https://doi.org/10.1006/viro.1998.9488
116. Y. Guan, J. S. M. Peiris, A. S. Lipatov, T. M. Ellis, K. C.
Dyrting, S. Krauss, L. J. Zhang, R. G. Webster, K. F. Shortridge,Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A . 2002 , 99 , Issue
13, pp. 8950–8955https://doi.org/10.1073/pnas.132268999
117.L. D. Sims, T. M. Ellis, K. K. Liu, K. Dyrting, H. Wong, M. Peiris,
Y. Guan, K. F. Shortridge, Avian Dis . 2003 , 47 ,
Issue s3, pp. 832–838https://doi.org/10.1637/0005-2086-47.s3.832
118. E. C. J. Claas, A. D. Osterhaus, R. van Beek, J. C. De Jong, G. F.
Rimmelzwaan, D. A. Senne, S. Krauss, K. F. Shortridge, R. G. Webster,Lancet 1998 , 351 , Issue 9101, pp. 472–477https://doi.org/10.1016/s0140-6736(97)11212-0
119.K. Subbarao, Science 1998 , 279 , Issue 5349,
pp. 393–396https://doi.org/10.1126/science.279.5349.393
120. Y. Guan, L. L. M. Poon, C. Y. Cheung, T. M. Ellis, W. Lim, A. S.
Lipatov, K. H. Chan, K. M. Sturm-Ramirez, C. L. Cheung, Y. H. C. Leung,
K. Y. Yuen, R. G. Webster, J. S. M. Peiris, Proc. Natl. Acad. Sci.
U. S. A . 2004 , 101 , Issue 21, pp. 8156–8161https://doi.org/10.1073/pnas.0402443101
121. J. S. M. Peiris,W. C. Yu, C. W. Leung, C. Y. Cheung, W. F. Ng, J.
M. Nicholls, T. K. Ng, K. H. Chan, S. T. Lai, W. L. Lim, K. Y. Yuen, Y.
Guan, Lancet 2004 , 363 , Issue 9409, pp. 617–619https://doi.org/10.1016/s0140-6736(04)15595-5
122. T. H. Tran, T. L. Nguyen, T. D. Nguyen, T. S. Luong, P. M. Pham,
van V. C. Nguyen, T. S. Pham, C. D. Vo, T. Q. M. Le, T. T. Ngo, B. K.
Dao, P. P. Le, T. T. Nguyen, T. L. Hoang, V. T. Cao, T. G. Le, D. T.
Nguyen, H. N. Le, K. T. Nguyen, H. S. Le, V. T. Le, D. Christiane, T. T.
Tran, de J. Menno, C. Schultsz, P. Cheng, W. Lim, P. Horby, J. Farrar,
World Health Organization International Avian Influenza Investigative
Team, N. Engl. J. Med . 2004 350 , 1179–1188https://doi.org/10.1056/NEJMoa040419
123. J. Parry, BMJ 2013 , 346 , f2222https://doi.org/10.1136/bmj.f2222
124. J. Parry, BMJ 2013 , 346 , Issue apr04 2, pp.
f2151–f2151https://doi.org/10.1136/bmj.f2151
125. M. Pan, R. Gao, Q. Lv, S. Huang, Z. Zhou, L. Yang, X. Li, X. Zhao,
X. Zou, W. Tong, S. Mao, S. Zou, H. Bo, X. Zhu, L. Liu, H. Yuan, M.
Zhang, D. Wang, Z. Li, W. Zhao, M. Ma, Y. Li, T. Li, H. Yang, J. Xu, L.
Zhou, X. Zhou, W. Tang, Y. Song, T. Chen, T. Bai, J. Zhou, D. Wang, G.
Wu, D. Li, Z. Feng, G. F. Gao, Y. Wang, S. He, Y. Shu, J. Infect .2016 , 72 , 52–59https://doi.org/10.1016/j.jinf.2015.06.009
126. Y. Bi, Q. Chen, Q. Wang, J. Chen, T. Jin, G. Wong, C. Quan, J. Liu,
J. Wu, R. Yin, L. Zhao, M. Li, Z. Ding, R. Zou, W. Xu, H. Li, H. Wang,
K. Tian, G. Fu, Y. Huang, A. Shestopalov, S. Li, B. Xu, H. Yu, T. Luo,
L. Lu, X. Xu, Y. Luo, Y. Liu, W. Shi, D. Liu, G. F. Gao, Cell Host
Microbe 2016 , 20 , Issue 6, pp. 810–821https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.10.022
127. L. Yang, X. Zhao, X. Li, H. Bo, D. Li, J. Liu, D. Wang,Biosafety and Health 2020 , 2 , Issue 1, pp. 49–52https://doi.org/10.1016/j.bsheal.2020.02.003
128. Y. Zheng, Y. Yang, W. Zhao, H. Wang, Am. J. Trop. Med. Hyg .2010 , 82 , Issue 4, pp. 743–745https://doi.org/10.4269/ajtmh.2010.09-0666
129. A. Puvanalingam, C. Rajendiran, K. Sivasubramanian, S.
Ragunanthanan, S. Suresh, S. Gopalakrishnan, J. Assoc .Physicians
India 2011 , 59 , 14–16, 18
130. H. Sun, Y. Xiao, J. Liu, D. Wang, F. Li, C. Wang, C. Li, J. Zhu, J.
Song, H. Sun, Z. Jiang, L. Liu, X. Zhang, K. Wei, D. Hou, J. Pu, Y. Sun,
Q. Tong, Y. Bi, K.-C. Chang, S. Liu, G. F. Gao, J. Liu, Proc.
Natl. Acad. Sci. U. S. A . 2020 , 117 , 17204–17210https://doi.org/10.1073/pnas.1921186117
131. Correction to Supporting Information for H. Sun, Y. Xiao, J. Liu,
D. Wang, F. Li, C. Wang, C. Li, J. Zhu, J. Song, H. Sun, Z. Jiang, L.
Liu, X. Zhang, K. Wei, D. Hou, J. Pu, Y. Sun, Q. Tong, Y. Bi, K.-C.
Chang, S. Liu, G. F. Gao, J. Liu, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A .2020 , 117, 23194https://doi.org/10.1073/pnas.2017619117
132. A. L. Vincent, W. Ma, K. M. Lager, B. H. Janke, J. A. Richt,Adv. Virus Res . 2008 , 72 , 127–154https://doi.org/10.1016/S0065-3527(08)00403-X
133. Centers for Disease Control and Prevention (CDC), Swine-origin
influenza A (H3N2) virus infection in two children–Indiana and
Pennsylvania, July-August 2011. MMWR. Morb. Mortal. Wkly. Rep.2011 , 60 , 1213–1215https://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/mm6035a6.htm
134. M. A. Jhung, S. Epperson, M. Biggerstaff, D. Allen, A. Balish, N.
Barnes, A. Beaudoin, L. Berman, S. Bidol, L. Blanton, D. Blythe, L.
Brammer, T. D’Mello, R. Danila, W. Davis, S. de Fijter, M. Diorio, L. O.
Durand, S. Emery, B. Fowler, R. Garten, Y. Grant, A. Greenbaum, L.
Gubareva, F. Havers, T. Haupt, J. House, S. Ibrahim, V. Jiang, S. Jain,
D. Jernigan, J. Kazmierczak, A. Klimov, S. Lindstrom, A. Longenberger,
P. Lucas, R. Lynfield, M. McMorrow, M. Moll, C. Morin, S. Ostroff, S. L.
Page, S. Y. Park, S. Peters, C. Quinn, C. Reed, S. Richards, J.
Scheftel, O. Simwale, B. Shu, K. Soyemi, J. Stauffer, C. Steffens, S.
Su, L. Torso, T. M. Uyeki, S. Vetter, J. Villanueva, K. K. Wong, M.
Shaw, J. S. Bresee, N. Cox, L. Finelli, Clin. Infect. Dis.2013 , 57 , 1703–1712https://doi.org/10.1093/cid/cit649
135. W. M. Fitch, J. M. Leiter, X. Q. Li, P. Palese, Proc. Natl.
Acad. Sci. U. S. A . 1991 , 88 , 4270–4274https://doi.org/10.1073/pnas.88.10.4270
136. C. A. Russell, J. M. Fonville, A. E. X. Brown, D. F. Burke, D. L.
Smith, S. L. James, S. Herfst, S. van Boheemen, M. Linster, E. J.
Schrauwen, L. Katzelnick, A. Mosterin, T. Kuiken, E. Maher, G. Neumann,
A. D. M. Osterhaus, Y. Kawaoka, R. A. M. Fouchier, D. J. Smith,Science 2012 , 336 , Issue 6088, pp. 1541–1547https://doi.org/10.1126/science.1222526
137. R. Muñoz-Moreno, C. Martínez-Romero, D. Blanco-Melo, C. V. Forst,
R. Nachbagauer, A. A. Benitez, I. Mena, S. Aslam, V. Balasubramaniam, I.
Lee, M. Panis, J. Ayllón, D. Sachs, M.-S. Park, F. Krammer, B. R.
tenOever, A. García-Sastre, Cell Rep . 2019 , 29 ,
3997–4009.e5https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.11.070
138. G. W. A. Dick, Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg . 1952 ,46 , Issue 5, pp. 521–534https://doi.org/10.1016/0035-9203(52)90043-6
139. G. W. A. Dick, S. F. Kitchen, A. J. Haddow, Trans. R. Soc.
Trop. Med. Hyg . 1952 , 46, Issue 5, pp. 509–520https://doi.org/10.1016/0035-9203(52)90042-4
140. World Health Organization: WHO. Zika virus. World Health
Organization: WHO 2018 , July 20https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/zika-virus
141. W. G. C. Bearcroft, Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg .1956 , 50, Issue 5, pp. 438–441https://doi.org/10.1016/0035-9203(56)90090-6
142. D. I. H. Simpson, Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg .1964 , 58, Issue 4, pp. 339–348https://doi.org/10.1016/0035-9203(64)90201-9
143. A. H. Fagbami, J. Hyg. (Lond) . 1979 , 83 ,
Issue 2, pp. 213–219https://doi.org/10.1017/s0022172400025997
144. J. G. Olson, T. G. Ksiazek, Suhandiman, Triwibowo, Trans. R.
Soc. Trop. Med. Hyg . 1981 , 75, Issue 3, pp. 389–393https://doi.org/10.1016/0035-9203(81)90100-0
145. M. R. Reynolds, MMWR. Morb. Mortal. Wkly. Rep.2017 , 66https://doi.org/10.15585/mmwr.mm6613e1
146. A. J. Rolfe, D. B. Bosco, J. Wang, R. S. Nowakowski, J. Fan, Y.
Ren, Cell Biosci . 2016 , 6, 42https://doi.org/10.1186/s13578-016-0110-x
147. K. Himmelsbach, E. Hildt, World J. Virol . 2018 ,7 , Issue 1, pp. 10–20https://doi.org/10.5501/wjv.v7.i1.10
148. S. M. Nguyen, K. M., Antony, D. M., Dudley, S. Kohn, H. A. Simmons,
B. Wolfe, M. Shahriar Salamat, L. B. C. Teixeira, G. J. Wiepz, T. H.
Thoong, M. T. Aliota, A. M. Weiler, G. L. Barry, K. L. Weisgrau, L. J.
Vosler, M. S. Mohns, M. E. Breitbach, L. M. Stewart, M. N. Rasheed, C.
M. Newman, M. E. Graham, O. E. Wieben, P. A. Turski, K. M. Johnson, J.
Post, J. M. Hayes, N. Schultz-Darken, M. L. Schotzko, J. A. Eudailey, S.
R. Permar, E. G. Rakasz, E. L. Mohr, S. Capuano 3rd, A. F. Tarantal, J.
E. Osorio, S. L. O’Connor, T. C. Friedrich, D. H. O’Connor, T. G. Colos,PLoS Pathog . 2017 , 13 , Issue 5, p. e1006378https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006378
149. G. Calvet, R. S. Aguiar, A. S. O. Melo, S. A. Sampaio, I. de
Filippis, A. Fabri, E. S. M. Araujo, P. C. de Sequeira, M. C. L. de
Mendonça, L. de Oliveira, D. A. Tschoeke, C. G. Schrago, F. L. Thompson,
P. Brasil, F. B. dos Santos, R. M. R. Nogueira, A. Tanuri, A. M. B. de
Filippis, Lancet Infect. Dis . 2016 , 16 , Issue 6,
pp. 653–660https://doi.org/10.1016/s1473-3099(16)00095-5
150. N. S. D. Carvalho, N. S. De Carvalho, B. F. De Carvalho, C. A.
Fugaça, B. Dóris, E. S. Biscaia, Braz. J. Infect. Dis .2016 , 20 , Issue 3, pp. 282–289https://doi.org/10.1016/j.bjid.2016.02.006
151. J. Mlakar, M. Korva, N. Tul, M. Popović, M. Poljšak-Prijatelj, J.
Mraz, M. Kolenc, K. R. Rus, T. V. Vipotnik, V. F. Vodušek, A. Vizjak, J.
Pižem, M. Petrovec, T. A. Županc, N. Engl. J. Med. 2016 ,374 , Issue 10, pp. 951–958https://doi.org/10.1056/nejmoa1600651
152. K. A. Stapleford, L. L. Coffey, S. Lay, A. V. Bordería, V. Duong,
O. Isakov, K. Rozen-Gagnon, C. Arias-Goeta, H. Blanc, S. Beaucourt, T.
Haliloğlu, C. Schmitt, I. Bonne, N. Ben-Tal, N. Shomron, A.-B. Failloux,
P. Buchy, M. Vignuzzi, Cell Host Microbe 2014 ,15 , 706–716https://doi.org/10.1016/j.chom.2014.05.008
153. P. Rossolillo, F. Winter, E. Simon-Loriere, S. Gallois-Montbrun, M.
Negroni, PLoS Genet . 2012 , 8 , Issue 8, p.
e1002904https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002904
154. S. Herfst, E. J. A. Schrauwen, M. Linster, S. Chutinimitkul, E. de
Wit, V. J. Munster, E. M. Sorrell, T. M. Bestebroer, D. F. Burke, D. J.
Smith, G. F. Rimmelzwaan, A. D. M. E. Osterhaus, R. A. M. Fouchier,Science 2012 , 336 , 1534–1541https://doi.org/10.1126/science.1213362
155. M. Imai, T. Watanabe, M. Hatta, S. C. Das, M. Ozawa, K. Shinya, G.
Zhong, A. Hanson, H. Katsura, S. Watanabe, C. Li, E. Kawakami, S.
Yamada, M. Kiso, Y. Suzuki, E. A. Maher, G. Neumann, Y. Kawaoka,Nature 2012 , 486 , 420–428https://doi.org/10.1038/nature10831
156. A. B. Allison, D. J. Kohler, A. Ortega, E. A. Hoover, D. M. Grove,
E. C. Holmes, C. R. Parrish, PLoS Pathog . 2014 ,10 , e1004475https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1004475
157. I. Goodfellow, J. Pouget-Abadie, M. Mirza, B. Xu, D. Warde-Farley,
S. Ozair, A. Courville, Y. Bengio, Advances in neural information
processing systems 2014 .
158. R. P. Patwardhan, C. Lee, O. Litvin, D. L. Young, D. Pe’er, J.
Shendure, Nat. Biotechnol . 2009 , 27 , Issue 12,
pp. 1173–1175https://doi.org/10.1038/nbt.1589
159. M. Davidsson, P. Díaz-Fernández, M. Torroba, O. D. Schwich, P.
Aldrin-Kirk, L. Quintino, A. Heuer, G. Wang, C. Lundberg, T. Björklund,RNA 2018 , 24 , Issue 5, pp. 673–687https://doi.org/10.1261/rna.063925.117
160. M. A. Smith, T. Ersavas, J. M. Ferguson, H. Liu, M. C. Lucas, O.
Begik, L. Bojarski, K. Barton, E. M. Novoa, Genome Res .2020 , 30 , 1345–1353https://doi.org/10.1101/gr.260836.120
161. A. Goffeau, FEBS Lett. 2000, 480(1), 37–41https://doi.org/10.1016/s0014-5793(00)01775-0
162. M. Davidsson, P. Diaz-Fernandez, O. D. Schwich, M. Torroba, G.
Wang, T. Björklund, Sci. Rep . 2016 , 6 , 37563https://doi.org/10.1038/srep37563
163. J. Weinmann, S. Weis, J. Sippel, W. Tulalamba, A. Remes, J. El
Andari, A.-K. Herrmann, Q. H. Pham, C. Borowski, S. Hille, T.
Schönberger, N. Frey, M. Lenter, T. VandenDriessche, O. J. Müller, M. K.
Chuah, T. Lamla, D. Grimm, Nat. Commun . 2020 , 11 ,
5432https://doi.org/10.1038/s41467-020-19230-w
164. G. Tetz, V. Tetz, Microorganisms 2018 , 6 ,
Issue 2, p. 54https://doi.org/10.3390/microorganisms6020054
165. G. Tetz, V. Tetz, Gut Pathog . 2016 , 8 , Issue
1https://doi.org/10.1186/s13099-016-0109-1
166. G. V. Tetz, K. V. Ruggles, H. Zhou, A. Heguy, A. Tsirigos, V. Tetz,Sci. Rep. 2017 , 7 , Issue 1https://doi.org/10.1038/s41598-017-07278-6
167.M. Łusiak-Szelachowska, B. Weber-Dąbrowska, E. Jończyk-Matysiak, R.
Wojciechowska, A. Górski, Gut Pathog. 2017 , 9 , 44https://doi.org/10.1186/s13099-017-0196-7
168. B. T. McCune, M. R. Lanahan, B. R. tenOever, J. K. Pfeiffer,J. Virol. 2020 , 94https://doi.org/10.1128/JVI.01590-19
169. S. K. Kuss, C. A. Etheredge, J. K. Pfeiffer, PLoS Pathog .2008 , 4 , e1000082https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000082
170. A. S. Lauring, R. Andino, J. Virol . 2011 ,85 , 3780–3791https://doi.org/10.1128/JVI.02217-10
171. A. K. Erickson, J. K. Pfeiffer, J. Virol . 2013 ,87 , 12392–12397https://doi.org/10.1128/JVI.02149-13
172. J. Weger-Lucarelli, S. M. Garcia, C. Rückert, A. Byas, S. L.
O’Connor, M. T. Aliota, T. C. Friedrich, D. H. O’Connor, G. D. Ebel,Virology 2018 , 521 , 138–148https://doi.org/10.1016/j.virol.2018.06.004