Comment écrire un article scientifique ?


Introduction

Il y a plusieurs façons d'écrire un article, ce document présente une façon de faire qui s'appliquera à la plupart des cas en science expérimentale.
Ceci dit, la première chose que vous devez faire avant de commencer un article, une fois le journal choisi, est d'aller lire les guidelines du journal. Il vous donnera toutes les informations nécessaires (nombre de mots, longueur du titre, etc), et sont à respecter en priorité.

Style

Le but est d'être clair et compréhensible, pas de faire de la littérature : faites des phrases courtes et simples !
L'utilisation du terme "je" ou "nous" fait débat. Vous pouvez utiliser la forme passive la plupart du temps, et de réserver "nous" (ou "je") quand vous avez une contribution personnelle directe, par exemple lorsque vous décrivez pourquoi est-ce que vous avez fait l'étude :
 > We show in this study that...
Lorsque vous décrivez l'expérience mise en oeuvre :
 > We built an experimental apparatus made of ...
Ou lorsque vous inteprétez des résultats :
 > We deduce from the increase of biomarkers that...
Dans la mesure du possible aussi : soyez concis. N'écrivez pas 2 pages quand 1 est suffisante. Ce n'est pas parce que le journal vous permet d'utiliser jusqu'à 20 pages que vous devez faire 20 pages... Les articles longs sont plus difficiles à lire, et les informations importantes risquent d'être noyées parmi les autres.
Peut-être plus important encore : soignez vos figures. Avec le titre et le résumé, c'est la première chose que regardera un lecteur (y compris l'éditeur du journal et les rapporteurs...). Il faut que les figures soient compréhensibles, de qualité, voire belles, bref : qu'elles donnent envie de lire l'article. Ne négligez pas cet aspect, la qualité des figures influence l'acceptation ou le rejet d'un article !

Typographie

Un document assez complet est disponible à cette adresse, et pourra vous aider à prendre de bonnes habitudes dès le début : http://tex.loria.fr/typographie/saudrais-typo.pdf
Il vous indiquera comment écrire les équations, quand utiliser les majuscules, etc.

Structure

Une étude en science a la structure générale suivante : Quelle est la problématique ? Comment avons-nous essayé de répondre à cette problématique (quelles expériences avons-nous mis en oeuvre) ? Qu'a-t-on observé (quels sont les résultats de nos expériences) ? Comment nos résultats permettent-ils de répondre à la problématique ?

Ainsi, la structure la plus commune pour écrire un article est :
-Titre
-Résumé
-Introduction
-Matériel et méthodes
-Résultats
-Discussion
-Remerciements
-Bibliographie
Note : Dans certains journaux, la partie Matériel et méthodes dans le corps de l'article est brève, et une partie plus détaillée est placée à la fin.

On commence couramment par écrire la partie Matériel et méthodes (la plus facile à écrire), puis Résultats, puis le reste.

Titre

Le titre doit être explicite mais détaillé, et dans la mesure du possible, court.
Eviter d'utiliser des abréviations, mêmes courantes, des numéros ou de la ponctuation

Liste des auteurs

Il faut citer les personnes qui ont contribué à la réalisation de l'étude. Demandez-vous pour chacun : "si cette personne n'avait pas été là, l'étude aurait-elle pu être réalisée ?". Dans la plupart des domaines, le premier auteur est celui qui a réalisé la plupart des travaux et a écrit l'article, et le dernier auteur est le chercheur qui a supervisé la recherche et l'étudiant. Mais pas de panique : votre directeur de recherche vous indiquera probablement qui mettre et dans quel ordre, pour vos premiers articles. 

Résumé

Pour écrire un résumé, voici la structure proposée par la revue Nature et qui s'applique à la plupart des cas :
  1. Une ou deux phrases donnant une introduction basique au domaine de recherche, compréhensible par un scientifique de n'importe quel domaine.
  2. Deux ou trois phrases plus précises sur le contexte de l'étude, plutôt à destination des scientifiques du domaine.
  3. Une phrase décrivant la problématique de l'étude.
  4. Une phrase décrivant la principale conclusion de l'étude, introduit par "Here we show...", ou "This study demonstrates...".
  5. Deux-trois phrases décrivant la méthode et les principaux résultats.
  6. Une phrase de conclusion indiquant la portée et l'importance de l'étude et/ou les développements futurs.
Il ne doit pas y avoir de références dans l'abstract.

Exemple (donné par la revue Nature) :
 > 1. During cell division, mitotic spindles are assembled by microtubulebased motor proteins
 > 2. The bipolar organization of spindles is essential for proper segregation of chromosomes, and requires plusend-directed homotetrameric motor proteins of the widely conserved kinesin-5 (BimC) family3 . Hypotheses for bipolar spindle formation include the ‘push−pull mitotic muscle’ model, in which kinesin-5 and opposing motor proteins act between overlapping microtubules.
 > 3. However, the precise roles of kinesin-5 during this process are unknown.
 > 4. Here we show that the vertebrate kinesin-5 Eg5 drives the sliding of microtubules depending on their relative orientation.
 > 5. We found in controlled in vitro assays that Eg5 has the remarkable capability of simultaneously moving at ~20 nm s–1 towards the plusends of each of the two microtubules it crosslinks. For anti-parallel microtubules, this results in relative sliding at ~40 nm s–1, comparable to spindle pole separation rates in vivo6 . Furthermore, we found that Eg5 can tether microtubule plus-ends, suggesting an additional microtubule-binding mode for Eg5. Our results demonstrate how members of the kinesin-5 family are likely to function in mitosis, pushing apart interpolar microtubules as well as recruiting microtubules into bundles that are subsequently polarized by relative sliding.
 > 6. We anticipate our assay to be a starting point for more sophisticated in vitro models of mitotic spindles. For example, the individual and combined action of multiple mitotic motors could be tested, including minus-end-directed motors opposing Eg5 motility. Furthermore, Eg5 inhibition is a major target of anti-cancer drug development, and a well-defined and quantitative assay for motor function will be relevant for such developments.

Introduction

Elle doit commencer très générale, et être de plus en plus précise. Vous devez placer votre étude dans un contexte scientifique, expliquer pourquoi votre étude est importante, et enfin présenter ce que vous démontrer précisément (encore une fois, via une phrase du type "Here we show..." ou "This study demonstrates...").

Le temps des verbes est au présent pour les vérités générales :
 > Organ elasticity is a parameter hard to measure.

Et au passé pour les travaux antérieurs : 
> In 1990 Ophir introduced a new elastography method called "static elastography".

L'introduction est l'une des parties les plus difficiles à écrire. La majorité des références de votre article doit se trouver dans l'introduction. Cette partie comporte peu de figures, généralement une seule voire aucune.

Matériel et méthodes

Vous devez expliciter le but de chaque expérience, et comment vous l'avez mise en oeuvre. Un lecteur doit être capable de reproduire ce que vous avez fait uniquement avec votre texte. On écrit cette partie généralement au passé :

 > In our first experiment, a 10 % mass concentration of gelatin from porcine skin was added to the solution and heated to 60°C during 1 hour.

Il est préférable de préciser la référence de chaque produit avec les indications du fabricant :
 > Ultrasound imaging was performed using a research ultrasound scanner (model Vantage 256, Verasonics , Kirkland, WA, USA) and a 5 MHz linear ultrasound probe (ATL L7-4 Philips, Amsterdam, Netherlands)

Cette partie est néanmoins la plus facile à écrire, et il est conseillé de commencer par celle-ci. Cette partie ne comporte pas de références, mise à part des références à des méthodes déjà publiées qu'il n'est pas utile de détailler à nouveau dans l'article. Cette partie contient souvent un ou plusieurs schéma(s) pour décrire le ou les expériences réalisées.

Résultats

Vous devez présenter ici les résultats de chaque expérience, sans interprétation, uniquement des observations. Il comporte la plupart des figures de l'article. Vous devez introduire les figures par une description puis ajouter une observation, mais pas d'interprétation, réservée à la partie discussion !

 > Figure 3 illustrates the number of gene markers in function of time. We observe an increase from 0 to 1 hour then a decrease from 1 to 5 hours.

Ne confondez pas les matériel et méthodes et les résultats (la frontière est parfois floue) : le traitement des données (filtres appliqués, etc) doit être décrit dans la partie matériel et méthodes, tandis que la représentation des données va dans la partie résultats.

Les résultats sont souvent présentés sous la forme de tableaux ou de courbes (ou graphiques similaires). Les tableaux de données sont utiles lorsque la valeur exacte, avec plusieurs chiffres significatifs, est importante. Les courbes permettent facilement de voir l'évolution d'un paramètre, ou de comparer des grandeurs entre elles, alors que c'est plus difficile avec un tableau. Les courbes sont aussi plus attractives visuellement qu'un tableau.

Cette partie n'est pas très difficile à faire, mais il est important de la faire soigneusement. Le temps des verbes est normalement au présent :
 > Figure 3 illustrates the number of gene markers in function of time. We observe an increase from 0 to 1 hour then a decrease from 1 to 5 hours.
Il n'y a normalement aucune référence dans les résultats.

Discussion

Cette partie sert à l'interprétation des résultats : que peut-on en tirer ? Comment permettent-ils de répondre à la problématique initiale ? On part généralement des résultats précis de l'article, puis on les place dans le contexte général de l'étude, pour enfin évoquer l'impact futur.

Le temps des verbes est au présent (pour les résultats actuels et les vérités générales), au passé (pour évoquer de précédents travaux en rapport avec l'étude) et au futur (pour parler de l'impact ou des évènements futurs). Cette partie peut comporter quelques références.

Une conclusion avec un petit résumé des travaux est souvent apprécié.

Remerciements

Cette partie, très courte, permet d'indiquer les éventuelles sources de financement qui ont permis de faire les travaux et de remercier des personnes qui ont contribué à l'article mais ne peuvent être considérés comme coauteurs. Dans certains journaux, on indique aussi qui a réalisé quelle partie :
 > AB wrote the article, CD prepared the sample, EF conducted the experiment.

Bibliographie

La bibliographie sert à lister l'ensemble des références du texte. Le format dépend énormément du journal, il est préférable d'utiliser un outil comme Endnote ou BibTeX pour les gérer.